门捷列夫是怎样克服原子量不准的困难的呢?除了亲自重新测定一些元素的原子量外，他还根据元素的性质来判断。这就像上面说的衣服的颜色一样。如果按原子量排列，穿橙色衣服的人跑到绿色的列里去了，这个原子量可能就有疑问。一个具体的例子就是元素铍。按照当时测定铍的原子量为13.5，它应该排在原子量为12的碳后面。但是根据铍的化学性质，它应该在锂(原子量7)和硼(原子量11)之间，原子量应该在9附近。后来重新测定的铍的原子量果然是9。
有时候，为了把颜色对齐，还必须在行中留出空位。门捷列夫不认为这是对周期律的破坏，反而认为是尚未发现的元素应该占据的位置。比如在锌和砷之间有两个空格，上面对应于铝和硅。他把这两个未知元素叫作“类铝”和“类硅”，并且按照它们在周期表中的位置和上下左右“邻居”元素的性质，推测出这两种元素的性质。这两种元素后来果然被发现了，分别叫作镓和锗。它们的性质也和门捷列夫预测的几乎一模一样!
这些事实说明，门捷列夫破解了元素的“密码”!这具有极大的理论意义和实用价值。每一种元素都在周期表中找到了自己的位置。已经被填满的行和列中不会有新的元素，而空格不但能预示尚未发现的元素，还能根据它们在周期表里的位置推测出它们的性质，这就极大地加速了寻找这些未知元素的过程。不过，在门捷列夫的时代，人们还不知道原子的结构，所以他并不知道这种规律背后的真正原因，也不知道如何处理那些“穿杂色衣服的人”，也就是后来所说的过渡元素。
通过英国科学家莫斯莱的工作，人们才发现原子核里的正电荷数目(即原子序数)决定了元素的化学性质。周期表所反映的，实际上是元素随原子序数上升时，最外层电子数的周期性变化。在此之前，门捷列夫根据不完全准确的原子量和有空位的序列发现了元素周期律，体现出他敏锐的洞察力和充满智慧的想象力。
