起义军在唐朝官军的反扑下，被迫退出长安，最后力尽兵败，黄巢在山东泰安的虎狼谷中自杀而亡。经过黄巢起义军的打击，唐朝数百年的基业已不复旧貌。此时，李昌符据凤翔，王重荣据蒲、陕，诸葛爽据河阳、洛阳，孟方立据邢、洺，李克用据太原、上党，朱全忠据汴、滑，秦宗权据许、蔡，时溥据徐、泗，朱瑄据郓、齐、曹、濮，王敬武据淄、青，高骈据淮南八州，秦彦据宣、歙，钱镠据浙东，他们都是各擅兵赋，迭相吞噬，朝廷不能制，成为实际上的地方割据势力。朝廷所能够控制的地区不过河西、山南、剑南、岭南西道数十州而已。
正月，僖宗自川中启程，三月重返长安。数年惊魂还没有来得及稳定，便又遭遇了新的动荡。事情是这样的：僖宗宠信的宦官田令孜因企图从河中节度使王重荣手中夺得池盐之利而与之交恶，田便联合邠宁节度使朱玫和凤翔节度使李昌符向王重荣开战。中和五年(885)三月荣则求救于太原李克用，二人联手大败朱玫和李昌符，进逼长安。神策军溃散，田令孜无奈再次带领僖宗于光启元年十二月逃亡到凤翔(今陕西宝鸡)。黄巢占领长安时，宫城建筑保存完好，而这次诸道兵马进入长安，烧杀抢掠，宫室坊里被纵火烧焚者十有六七，“宫阙萧条，鞠为茂草”。此时，各地节度使对宦官田令孜的专权十分不满，不少人把打击的矛头对准了田令孜。朱玫本想劫持僖宗，因田令孜挟持僖宗从大散关逃到兴元(今汉中)而没有成功，就将因病没有跑掉的襄王李煴挟持到长安立为傀儡皇帝，改元“建贞”。僖宗被尊为“太上元皇圣帝”，实际上就是太上皇。时在光启二年(886)十月(一说五月)。
这一政治变故导致了各节度使与朝廷关系的新变化。僖宗以正统为号召，把王重荣和李克用争取过来反攻朱玫，同时密诏朱玫的爱将王行瑜，令他率众还长安对付朱玫。光启二年十二月，王行瑜将朱玫及其党羽数百人斩杀，又纵兵大掠。这年的冬天，异常寒冷，城里九衢积雪，一直没有融化。王行瑜率兵入城当夜，寒冽尤剧，长安城遭受抢掠剽剥之后，僵冻而死的百姓横尸蔽地，惨不忍睹。一些官员奉襄王李煴逃奔河中，王重荣假装迎奉，将襄王李煴抓住杀死，并把他的首级函送行在，即僖宗所在的兴元。
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长安襄王李煴事变平息后，不少官员遭到杀戮，田令孜被贬斥，僖宗也打算重回京师了。光启三年(887)三月返京的队伍刚刚到达凤翔，节度使李昌符就以等待长安宫室修缮完工为名强行滞留。到了六月，天威军与李昌符发生火拼，李昌符进攻僖宗行宫，兵败出逃陇州，僖宗命扈驾都将李茂贞追击。七月，李昌符被斩。
经过这样几番折腾，僖宗的身体也垮了。光启四年(888)二月，病中的僖宗终于又一次回到长安，在拜谒太庙以后，举行大赦，改元“文德”。三月三日，僖宗得“暴疾”。
文德元年(888)三月六日，27岁的僖宗终于在颠沛流离之后离开了人世。幸运的是，他虽然是几度逃离京师，却是在长安宫中的武德殿驾崩的，而且在当年的十二月被葬在了靖陵(位于今陕西乾县铁佛镇南陵村)。
