义熙二年(406年)，刘裕因功受封为豫章郡公。义熙四年正月(407年)，因上年年末扬州刺史、录尚书事王谧去世，刘裕听从刘穆之劝言入朝议继任人选，终获授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事、徐兖二州刺史，入掌朝政大权。
攻灭南燕
东晋自偏安以来，时时面临着北方的威胁。祖逖、庾亮、殷浩、桓温都曾先后北伐，但无一成功。为了宋朝的强大，刘裕决定兴师北上。
义熙五年(409年)，南燕主慕容德死，其侄慕容超袭位，纵兵肆虐淮北，掳去晋两郡太守，驱掠百姓千余家。刘裕为抗击南燕，外扬声威，于四月自建康(今南京)率舟师溯淮水入泗水。五月，进抵下邳(今江苏睢宁西北)，留船舰、辎重，改由陆路进至琅邪(今山东临沂北)。为防南燕以奇兵断其后，所过皆筑城垒，留兵防守。南燕鲜卑人恃勇轻敌，对晋军进入其境不以为虑。慕容超没有采纳征虏将军公孙五楼“凭据大岘山(今山东沂山)之险，使晋军不能深入”或“坚壁清野”、“断晋粮道”之良策。六月，刘裕未遇抵抗，过莒县(今属山东日照)，越大岘山。南燕主慕容超先遣公孙五楼、贺赖卢及左将军段晖等，率步、骑兵5万进据临朐(今属山东潍坊)。慕容超得知晋兵已过大岘山，自率步骑4万继后。燕军至临朐，慕容超派公孙五楼率骑前出，控制临朐城南的巨蔑水(今山东弥河)。与晋军前锋孟龙符遭遇，公孙五楼战败退走。刘裕以战车4000辆分左右翼，兵、车相间，骑兵在后，向前推进。晋军进抵临朐南，慕容超派精骑前后夹击。两军力战，胜负未决，刘裕采纳参军胡藩之策，遣胡藩及谘议参军檀韶、建威将军向弥率军绕至燕军之后，乘虚攻克临朐。慕容超单骑逃往城南左将军段晖营中。刘裕纵兵追击，大败燕军，段晖等十余将被斩。慕容超逃还广固。刘裕乘胜追击北上，攻克广固外城。慕容超退守内城。刘裕筑围困之，招降纳叛，争取民心，并就地取粮养战。慕容超被困于广固内城，先后遣尚书郎张钢、尚书令韩范，驰往后秦求援。
七月，后秦主姚兴派卫将军姚强率步、骑兵一万，与洛阳守将姚绍汇合，统兵共救南燕。并遣使向刘裕宣称，后秦以10万兵屯洛阳，若晋军不还，当长驱而进。刘裕识破姚兴虚张声势，不为所动。不久，姚兴被夏主刘勃勃击败于贰城，遂令姚强撤周长。慕容超久困于广固，不见后秦援兵，欲割大岘山以南与东晋为条件，称藩于东晋，刘裕不允。南燕大臣张华、封恺、封融及尚书张俊相继降晋。九月，刘裕截获为借兵去后秦的韩范，使其绕城而行，以示后秦救兵无望，城内南燕守军惊恐。十月，燕臣张纲被俘，晋军制成飞楼、冲车等各种攻城器具，加强攻防能力。
义熙六年(410年)二月，南燕贺赖卢、公孙五楼率军挖地道出击晋军，被击败，退回内城。刘裕乘机四面攻城，南燕尚书悦寿打开城门迎降，晋军攻入广固内城。慕容超率数十骑突围而走，被晋军追获，送至建康斩首，南燕灭亡。刘裕以广固久守不降为由，入城后，尽杀王公以下三千人以泄愤。
平定卢循
卢循、徐道覆趁刘裕领兵在外，于义熙六年(410年)起兵，进攻江州。当时朝廷急征刘裕，而当时刘裕刚
灭南燕，收到诏书就撤还建康。刘裕至山阳(今江苏淮安市)时知江州刺史何无忌已战死，于是加速回防建康，并于四月赶至。五月，豫州刺史刘毅大败于卢循，卢循继续东下，而刘裕当时就招募兵众，修治石头城并于当地聚兵。不过，由于刘裕急急南返，士卒多有伤病，而建康兵力亦不过千人，面对有十多万人的卢循大军显得实力悬殊，然而刘裕坚决不肯接受诸葛长民及孟昶奉安帝北归广陵避敌的建议，决意死战。
卢循军到后停驻蔡洲(今江苏江宁县西南江中)，刘裕就以木栅阻断石头城及淮口，修治越城(今江宁县南)并建查浦、药园、廷尉三个堡垒，分兵戍守以御卢循，卢循曾分疑兵进攻白石及查浦，自率大军进攻丹阳郡，但都没有取胜，而且在各县中都无法抢掠到物资，被逼于七月退兵江州。同年十月，刘裕率刘藩、檀韶、刘敬宣等人进攻卢循，并于十二月以火攻击败卢循船队。卢循败后试图于左里(今鄱阳湖口)挡住刘裕，但刘裕率军奋战，卢循军无法阻挡而大败，卢循因而南逃广州。刘裕早于卢循撤出蔡洲后就已派了孙处及沈田子经海路攻占了卢循根据地番禺，卢循败逃广州后于义熙七年(411年)又于广州败于沈田子等人，终在交州被刺史杜慧度所杀。
