攀爬天花板的萨姆斯
如果《银河战士：融合》的变化仅限于此，那它只能成为一款简化缩水版《超级银河战士》，可以满足新玩家，却对不起老玩家长久的等待。本作在降低通关门槛的同时，也保障了全收集的难度，100%收集率通关对玩家而言依然颇具挑战性。另一方面，本作的创新元素也令人眼前一亮。
为了给老玩家带来新感觉，团队将萨姆斯的强化服从传统的金色变为蓝色，坂本贺勇批准了这一更改，但他认为《银河战士：融合》需要在剧情和系统方面给换色做出理由，为此他修改了剧本细节。
在本作的开场剧情中，萨姆斯的强化服依然是传统的金色，随后，强化服被新登场的寄生体生物X同化，萨姆斯被注射宇宙生物密特罗德的细胞后才逃过一劫，强化服因此变成了蓝色，但也失去了之前的大部分能力。在系列之前的作品中，萨姆斯在游戏初期会失去上一作的能力，被迫重新收集道具，之前的剧情对此没有解释，《银河战士：融合》则给出了一个合理的设定。
另一方面，寄生在强化服上的X可以复制宿主的能力，变成了一个金色的拟态生物SA-X，这个模仿者拥有之前萨姆斯的强大能力，假货的实力暂时超越了本尊。在游戏后期恢复大部分能力之前，萨姆斯无法正面打败SA-X，只能避其锋芒。
萨姆斯躲避SA-X的巡逻
SA-X突然闯入画面的时刻，也是玩家最紧张的时刻，随着SA-X步步逼近，其脚步声也清晰可闻。玩家在前期只需单纯躲藏就可以度过危险，在后期，SA-X会破坏场景里的掩体，逼迫玩家夺路狂奔。这种体验是《超级银河战士》所不曾有的，也让《银河战士：融合》具备了足够的创新魅力。
《银河战士：融合》的欧版于2002年11月22日发售，仅比美版晚了几天。日版玩家则要等到2003年2月14日，这一天也是日版GBA SP（GBA的升级版掌机）的首发时间，任天堂为日版准备了特殊配色的限定版GBA SP。日版游戏加入了难度选择和新的结局插图，这些插图由日本漫画家石川坚士执笔，素材源自同期在日本杂志上连载的漫画版《银河战士》。
日版的新增结局插图
其实坂本贺勇最初只想担任《银河战士：融合》的顾问，仅负责企划书和剧情大纲，剩下的工作全部交给手下，然而开发团队的大量新人让坂本无法放心，他被迫亲自担任导演拍板，本作的开发过程也成了培养新人的过程。
主机方面，任天堂的新平台NGC性能远超N64，可以实现理想的3D画面，但这一切对人手有限、专注于掌机开发的任天堂第一开发部而言依然是遥不可及的目标。NGC主机上的美版《银河战士：Prime》和美版《银河战士：融合》同日发售，视角则变为第一人称。《银河战士：Prime》的开发外包给了美国公司Retro Studios，坂本贺勇承认自己“晕3D”，他的体质并不适应3D化的第一人称，《银河战士：Prime》的开发他参与不多，仅作为顾问保证剧情和系统大体上没有违背系列世界观。
第一人称视角的《银河战士：Prime》
坂本贺勇此时的开发重心依然是掌机，《银河战士：融合》发售后，团队内部有人提议将《超级银河战士》移植到GBA平台，坂本认为单纯的移植缺乏新意，他选择用GBA的机能复刻FC初代《银河战士》，于是便有了2004年发售的《银河战士：零点任务》。
《银河战士：融合》在剧情和地图结构方面成了系列的异类，这些变化都是为了降低新玩家的门槛，而《银河战士：零点任务》作为GBA上的第二款系列作品，风格其实较为传统。本作依然采用插图描绘剧情的方式，不过文字描述大幅减少，让玩家用自己的想象力体会剧情。
地图回归传统的《银河战士：零点任务》
关卡方面，《银河战士：零点任务》也回归传统，地图结构更加自然，闸门数量变少，给玩家留下了更多探索空间。本作的流程提示系统比较简洁，玩家只能得到一个大致的坐标，而非《银河战士：融合》那般事无巨细的提示。本作的“破序过关”（指玩家绕开引导的流程自行摸索路线）技巧比《银河战士：融合》更多，100%收集率通关对操作的要求也更高。不过，本作的流程也短，Boss战难度比较弱，算是白璧微瑕。
《银河战士：零点任务》的创新元素更进一步，萨姆斯在游戏后期一度失去了强化服能力，仅剩一套蓝色的“零式紧身衣”和一把小小的电击枪。这段新增流程逼迫玩家通过潜入手段回避敌人，成为本作的最大特色。“零式萨姆斯”造型后来被“任天堂全明星大乱斗”系列收录，成为了可选角色。
