迈克菲为逃避美国的审判，在之后的大部分时间与妻子、四只大狗、两名保安人员和七名员工在游艇上生活，包括竞选也在公海进行。
2019年7月，在普拉塔港停靠游艇时被多米尼加共和国武装部队逮捕，船上缴获了多件高口径武器和弹药。已涉嫌携带武器罪被短暂拘留。
2020年10月3日，迈克菲因在美国逃税在巴塞罗那的艾尔普拉特机场被捕，因为之前他与美国政府之间的过节，他申请了政治迫害，拒绝引渡回美国，并关于西班牙当地的监狱。
他声称：“他是因谴责美国国税局的腐败和美联储这样的中央银行控制的货币体系而遭到政治迫害”
2020年10月至2021年5月，McAfee迈克菲的监狱日记。他依旧在传递他被政治迫害的观点，希望能得到公平审判。
2021年6月24日，迈克菲被发现死于西班牙巴塞罗那监狱中，而在前几天他刚刚被西班牙法院批准引渡回美国。就这样一个奇特的男人，用别人眼中怪怪的方式，疯狂地走完了这传奇的一生。
写在最后：
自从迈克菲离世后，社会各界都发表了对他逝去的看法。
有人认为归结于他的作风——Kim Dotcom是一名互联网企业家，他正在与自己因文件共享网络Megaupload受指控而从新西兰被引渡作斗争，他感叹迈克菲的吸毒行为剥夺了他的潜力，他说：
“数据安全领域的先驱。我一直认为他太沉迷于派对，应该避免吸毒，把他的聪明才智用在好的方面。当他头脑清醒的时候，这一切都是为了自由。”
有人认为归结于他的个性——迈克菲的西班牙律师Javier Villalba告诉记者他的死因，只是“绝望”二字，他觉得迈克菲根本无法忍受被关起来：
“这是残酷制度的结果，没有理由把这个人关在监狱这么长时间。”
也有人认为这是他最好的解脱方式——Cardano创始人Charles Hoskinson称赞了迈克菲对计算机科学的贡献，称他是“加密货币领域和计算机历史上最神秘、最有趣的人之一。
安息吧，约翰·迈克菲
— Charles Hoskinson (@IOHK_Charles)(@IOHK_Charles) 2021年6月23日
“迈克菲自杀的原因似乎不言自明——迈克菲已经75岁了，将他引渡到美国已获得批准，如果罪名成立，他将面临30年以上的监禁[...]他似乎决定选择在西班牙监狱结束自己的生命，而不是在美国监狱。”
甚至是阴谋论——其他阴谋理论家把矛头指向了2019年6月的一篇帖子，在帖子中，迈克菲声称拥有“31 TB”的数据库，其中有政府腐败的证据，他声称，如果他被逮捕，他会公布“一名中情局特工”和“两名巴哈马官员”有罪的证据。然而，迈克菲于2020年10月被捕，并没有公开此类证据。同时，迈克菲所有的数字财产都已为0。
