1368年，朱元璋建立明朝以后，在元朝行省的框架基础上，根据明朝的需要，调整了各地区划。撤销了路一级的区划，形成了省、州府、县三级区划，并且形成了布政使、按察使、都指挥使并立的框架。这些区划非常经典，一直沿用到了1912年清朝灭亡。
在明朝第三位皇帝朱棣在位时期，随着明朝的迁都，形成了南北直隶与13个省的区划。我国很多省份的大体区划，都是在明朝统治时期逐步成型的，例如山东省、广东省、河南省等等。湖南省的情况特殊，明朝统治时期，继承了湖广省的名称。不过，与元朝的湖广省相比，明朝时期的湖广省明显小了一圈，大体上相当于湖南省、湖北省。
17世纪中期，清朝逐步确立了自己的统治。随后，根据自身的情况，开始调整各地的区划。最后，出现了大清内陆18个省的区划。鉴于湖广省太大的问题，1667年，康熙皇帝在位的初期，清朝撤销了湖广省，拆分出湖北省、湖南省。湖南省设立以后，省会设立在长沙府，湖南省划分为9个府、4个直隶州和4个直隶厅。
当时，怀化市下辖的各个县，基本上隶属于沅州府管理。1912年，清朝灭亡以后，我国进入了军阀混战的局面。由于湖南省的地理位置重要，各路军阀反复争夺，对各地造成了很大的破坏，急需进入休养生息。一转眼到了建国初期，随着各地局势的逐步稳定，我国进入了战后重建、恢复生产、发展经济的阶段。湖南省内，陆续设立了一系列的专区，例如会同专区、沅陵专区等等。
起初，会同专区下辖了芷江县、会同县、怀化县、黔阳县、绥宁县、靖县、通道县、晃县等8个县。至于沅陵专区，则下辖了辰溪县、沅陵县、溆浦县、凤凰县、乾城县、永绥县、泸溪县、麻阳县等8个县。1950年，在会同县部分乡镇的基础上，设立了洪江县级市，隶属于会同专区管理。1952年，会同专区、沅陵专区被撤销，合并成了芷江专区。
芷江专区下辖了1个县级市、12个县，分别是：洪江市、芷江县、会同县、怀化县、黔阳县、绥宁县、靖县、通道县、晃县、辰溪县、沅陵县、溆浦县、麻阳县。1953年，洪江市被提升为省辖市。1954年，芷江专区更名为黔阳专区。1958年，绥宁县被划入了邵阳专区管理。同一年，洪江市重新划入了黔阳专区管理，黔阳专区下辖了1个县级市、11个县。
1963年，洪江县级市被撤销，黔阳专区管辖区域调整为11个县。60年代末期，全国所有的专区更名为地区以后，黔阳专区更名为黔阳地区。进入70年代末期，随着我国经济持续发展，为了适应时代，我国很多省份下辖的地区，陆续更名为地级市。与此同时，各个地级市的管辖范围进一步扩大。
1979年，在怀化县部分乡镇的基础上，黔阳地区设立了怀化县级市。同一年，洪江县级市重新设立。截至这个时候，黔阳地区下辖了2个县级市、11个县。1981年，黔阳地区更名为怀化地区。1982年，怀化县被撤销，并入了怀化县级市。随着怀化地区的持续发展，1997年，怀化地区被撤销，设立了怀化地级市。原来的怀化县级市被撤销，设立了鹤城区、中方县。
