2003年，将原有495个村、居委会合并为396个。2004年末，曲阜市辖2个街道、6个镇、4个乡：鲁城街道、书院街道、吴村镇、姚村镇、陵城镇、小雪镇、南辛镇、时庄镇、王庄乡、董庄乡、息陬乡、防山乡。共41个居委会、355个村委会，483个自然村。其中陵城镇、小雪镇、息陬乡由济宁市曲阜新区管理。
2007年末，全市辖2个街道、6个镇、4个乡：鲁城街道、书院街道、吴村镇、姚村镇、陵城镇、小雪镇、南辛镇、时庄镇、王庄乡、董庄乡、息陬乡、防山乡。共有392个行政村（居委会）。其中陵城镇、小雪镇、息陬乡由济宁市曲阜新区管理。
2008年5月，按照“管辖分离”的方式，将泗河东岸曲阜市时庄镇的田家村、河头村、焦家村三个行政村和陵城镇的粉店、牛厂两个自然村，划归兖州市酒仙桥街道管理。2008年末，全市共有392个行政村（居委会）。
2010年，撤销小雪镇、时庄镇，设立小雪街道、时庄街道；撤销王庄乡、息陬乡，设立王庄镇、息陬镇。调整后，全市辖4个街道、6个镇、2个乡：鲁城街道、书院街道、时庄街道、小雪街道、吴村镇、姚村镇、陵城镇、南辛镇、王庄镇、息陬镇、董庄乡、防山乡。其中小雪街道、陵城镇、息陬镇由济宁市曲阜新区管理。
2011年，撤销董庄乡、防山乡，设立石门山镇、防山镇；南辛镇更名为尼山镇。调整后，全市辖4个街道、8个镇：鲁城街道、书院街道、时庄街道、小雪街道、吴村镇、姚村镇、陵城镇、尼山镇、王庄镇、息陬镇、石门山镇、防山镇。其中小雪街道、陵城镇、息陬镇由济宁市曲阜新区管理。市政府驻鲁城街道。
截至2020年3月，曲阜市辖4个街道、8个镇：鲁城街道、书院街道、时庄街道、小雪街道、吴村镇、姚村镇、陵城镇、尼山镇、息陬镇、王庄镇、石门山镇、防山镇。共41个居委会、416个村委会，465个自然村。
