康熙七年（1668年），巡抚周召南下令重建岳麓书院，基本恢复了原有规模。康熙十三年（1674年），吴三桂发动三藩叛乱，攻克长沙，刚刚修好了才4年的岳麓书院即兴即毁。康熙二十三年（1684年），巡抚丁思孔又重建岳麓，置膏火田数百亩，并两具疏章，请求御书匾额。康熙二十六年（1687年）春，康熙帝御书“学达性天”匾额。乾隆九年（1744年），乾隆帝又赐御书“道南正脉”于岳麓，岳麓书院在全国的重要地位再次获得肯定。咸丰二年（1852年），太平天国军进攻长沙，岳麓书院受到战火毁坏，史称“书院毁半”，随后院长丁善庆率诸生捐资又逐次修复。同治七年（1868年），巡抚刘昆主持进行了一次大规模修建。清末光绪二十九年（公元1903年），改为湖南高等学堂，尔后相继改为湖南高等师范学校、湖南工业专门学校。
1926年正式定名为湖南大学。1938年4月，日本战机轰炸湖南大学校园，岳麓书院部分建筑被毁。1941年4月，日机再次轰炸湖南大学，岳麓书院御书楼、半学斋、静一斋等处均中弹倒塌，文庙大成殿及孔子像被炸毁。抗日战争胜利后，岳麓书院部分建筑被修复。1981年，岳麓书院开始大规模修复工程，1986年10月，在历经5年大修后，岳麓书院正式对外开放参观。1988年，岳麓书院（清代）被列为全国重点文物保护单位。
唉，多灾多难的岳麓书院。
应天府书院又称应天书院、睢阳书院、南京书院、南都书院、南京国子监，位于河南省商丘市睢阳区商丘古城南湖畔。
五代后晋时期，宋州虞城通儒杨悫在归德军将军赵直扶助下聚众讲学，创办睢阳学舍。杨悫去世后，他的学生戚同文继承师业，继续办学，书院得以发展。
北宋立国初期，急需人才，实行开科取士。当时睢阳学舍的生徒参加科举考试，登第者达五六十人之多。天下文人、士子慕戚同文之名不远千里而至宋州求学者络绎不绝，出现了“远近学者皆归之”的盛况，其中就有那位吟出“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐”的范仲淹。睢阳学舍逐渐形成了一个学术文化交流与教育中心，但戚同文病逝后，学校一度关闭。
大中祥符二年（公元1009年），宋城县（今河南商丘睢阳区）富人曹诚，在戚同文旧学之地出资三百万金，造舍150间，聚书1500余卷，广招学生，并于次年聘戚同文之孙戚舜宾为主院，以曹诚为助教，建立了书院。随着晏殊、范仲淹等人的加入，应天书院逐渐发展为北宋最具影响力的书院。“聚学为海，则九河我吞，百谷我尊；淬词为锋，则浮云我决，良玉我切。”这是范仲淹在执掌应天书院时所作的《南京书院题名记》，足见当年应天书院的博雅学风和恢弘气势。
北宋大中祥符二年（1009年）二月二十四日，宋真宗正式赐额为“应天府书院”，是为州县兴学之始。庆历三年（1043年）十二月，诏赐应天府书院升格为南京国子监。应天书院成为古代书院中唯一一个升级为国子监的书院。
应天书院以其历史悠久、规模宏大、影响深远、人才辈出而居北宋“四大书院”之首。北宋初书院多设于山林胜地，唯应天书院设于繁华闹市，人才辈出。《宋史》记载：“宋朝兴学，始于商丘”。“天下庠序，视此而兴”。“宋兴，天下州府有学始此”。元代赵孟瞓更是在《义学记》中道：“宋初时天下有四大书院，应天书院为首。”
接下来两个是有争议的：
