丽江市属低纬暖温带高原山地季风气候。由于海拔高差悬殊大，从南亚热带至高寒带气候均有分布，四季变化不大，干湿季节分明，气候的垂直差异明显，灾害性天气较多，年温差小而昼夜温差大，兼具有海洋性气候和大陆性气候特征。东南、西南的迎风斜面是多雨区，背风坡面是相对干燥的少雨区，金沙江河谷干燥少雨。
丽江植物资源种类繁多，成为中国著名的植物保护基地之一，是云南省重点林区之一，2015年，全市林业用地面积163万公顷，占土地面积的79.36%，森林覆盖率为66.15%，活立木蓄积量1.05亿立方米。境内有植物1.3万多种，仅种子植物就多达2988种，热带、温带、寒带植物均有分布，有许多树种属国家珍稀植物，有珍稀植物云南铁杉、红豆杉、榧木、水青树等。已发现中药材2000多种，占国家药典所列品种1/3以上。
