使用抗生素虽有不良反应，但多数是轻微的，停药后即可复原，如一旦使细菌产生抗药性会形成慢性鼻窦炎。慢性鼻窦炎初步也以抗生素治疗，只是药物使用时间更久，须达到2～3个月，若仍无法根除或无效，则须考虑手术了。另外，乱用抗生素还有另一危险，即抗生素在杀死致病菌时也会将其他有益菌杀死，因此若长期服用抗生素有可能把胃肠道帮助消化的有益菌全都杀光，且会造成真菌滋生或伪膜性大肠炎等严重后果产生。抗生素在一般鼻炎几乎无用武之地，主用于治疗鼻窦炎。
二、治疗鼻炎的注射药物有哪些?
鼻内注射：此种注射以少量类固醇注射于鼻腔下鼻甲的粘膜下的部位，专治过敏性鼻炎。效果虽然不错且持久，但全身性不良反应仍是会发生(不如口服那么严重)，且文献上报道曾有人在注射后引起失明的不良反应，乃因药物沿着静脉回流至眼球的静脉造成阻塞形成。虽然这种报道非常稀少，但仍需告知患者，由患者本身来决定是否接受治疗。
肌内注射或静脉注射药物：药物种类如同口服药物，但原则上只要能吃得下，便不必注射，这是使用药物的原则。在治疗过敏性鼻炎时有时也进行肌内注射，效果不错，可持续数个月。这种治疗所采用的药物一般为类固醇，只是如果长期采用这种治疗，不良反应相当大。一般只给急性且严重的过敏性鼻炎，才采用这种疗法。如果患者决定使用类固醇药物进行治疗过敏性鼻炎，最好与医生详细讨论，尽量选用短效型、作用快且短期使用的类固醇为原则，肌内注射型类固醇多以长效型为主，故效果才会长，但不良反应也相对较大，尤其是数次注射后。
