随着各种毛盾的不断暴露，管理者认为原因在于球队过分重视比赛成绩，轻视俱乐部建设。为解决这些问题，中国足协将中国职业联赛参照欧洲五大联赛中市场和推广上最成功的英格兰超级联赛为样板，在2004年构建了中国职业足球超级联赛。但中超初始很快就受到了挑战，由于制度设计的缺陷和经验不足，在中超联赛资格的竞争中就出现了问题，亚泰辽宁中超资格之争和重庆冠城输球进中超就是两个最典型的闹剧。经过一系列枫波，2004年5月15日晚首届中超联赛开幕式在天津开发区的天津泰达足球场举办，甲A联赛终结，中国职业足球进入了中超时代。
2005年新上任的足协副主席谢亚龙开始整炖联赛，第一个举措就是向资本操纵下的“湃系足球”下手。在足协的强力推动下，短时间内，实德系分崩离析。进入中超时代，虽然足协希望联赛能更加法制化、市场化，但中超联赛伊始，俱乐部与足协的maodun却进一步激化，其中以国安ba赛，“G7”ge命和武汉光谷俱乐部退赛最为典型。
经过俱乐部与管理层的长期逗争，2005年10月24日，国家体育总局批准成立“中超联赛股份公司”，时任足协专职副主席谢亚龙表示，足协已经把原来的经营权交出来了。中超公司章程中规定，股东会议由各股东按照出资比例行使表决权，重大事项须经2/3以上具表决权的股东通过。按此规定，足协通过出资比例获得了重大决议的“一票否决权”。这一举措也意味着俱乐部通过成立中超公司管理和经营中超联赛的愿望破灭。在中超公司的经营下，中超俱乐部们的收成也每况愈下，市场的不断失败无疑使投资不菲的俱乐部更加不满，在看不到希望的情况下非理性队抗行为也成为俱乐部的可选择行为之一，2009年武汉光谷俱乐部更是以直接退出联赛的方式来表达其不满。
2008年奥运会后，中国足球遭受了市场和成绩的双重失败，除了引发设会不满之外，也引起了高层体育管理部门的重视。2008年，据称体育总局因为不满青少年足球的培养，要求足协改革全运会和城运会赛制和参赛队伍结构、规模，并且提出正府主导，社会、俱乐部和省市体育局共同培养青少年的计划。这个动议中，行正手段对足球干预的色彩更浓，还有一些人提出职业俱乐部回归省市体育局的建议，中国职业足球前景堪忧。而足坛假球hei哨导致的各种乱象也使领导人多次发出治理整顿的呼吁。社会舆论相信，2009年由工按部门查出中国足坛大规模的“假球嘿哨”案件正体现了领导人决心扭转中国足球颓势的一种努力。
2010年3月1日，恒大集团以1亿元买断广药俱乐部全部股权，正式更名为广州恒大足球俱乐部，将中国职业足球推向了史无前例的金元时代。中超8冠王、2夺亚冠等众多荣誉让恒大的巨额投入在赛场上得到了足够的回报，但更加丰富的回报却在赛场之外。凭借着足球在全国打造出的巨大知名度，恒大地产在全国展开了疯狂的扩张，其商业版图也在快速膨胀，2017年恒大掌门人许家印便以2813.5亿元的身价登顶中国富豪榜首位。亲眼见证了恒大凭借足球之势带来了巨大利益后，阿里、苏宁、万达及各路地产商纷纷携资本杀入中国职业足球市场。这一阶段的中超市场火爆异常，中超赛事的版权在2015年卖出了5年80亿的天价，国际级球星来来往往，不断刷新记录的天价转会费，甚至让中超联赛一度有了“世界第六大联赛”的名号。
2020年足协正式实施限薪令，加之疫情爆发导致国内外经济状况急剧e化，这些投入巨大，几乎没有自我造血能力的俱乐部成了母公司的烫手山芋，中国职业足球的金元泡沫迅速破灭。2018年-2020年，中国职业足球三级联赛共有24家俱乐部解散，至今，这场危机仍在继续。2021年初，刚拿到联赛冠军不到4个月的江苏苏宁彻底退出历史舞台。2021赛季开始，足协要求中超、中甲全部实现俱乐部名称中性化，又一批无利可图的投资人选择撤出。2021赛季的中超联赛，由于疫情的原因，以赛会制的方式艰难地完成了赛程，却也在逐渐淡出人们的视线。
