当年六大门派合围光明顶,华山派掌门鲜于通以身殒命,数十年来掌门之位更是形同虚设,华山二老对本派的兴衰大计忧心忡忡,于是遍访天下贤人,欲为华山派觅一掌门。
华山二老遇到一江湖术士,断言汉水河畔必能找到掌门之人,于是埋伏于汉水河畔,等待有缘人的出现,竟然遇到了刚和小昭分别的段子羽。
段子羽见二人坦诚相待,真心诚意,强逼之下也就不得不答应出任华山掌门。华山二老夙愿得偿,欣喜逾恒,随即将华山派的内功心法紫霞神功及华山绝学两仪刀法相授。

便在此时,英气逼人的明教教主杨逍入室大弟子地字门门主司徒明月,为明教寻仇而至。段子羽与司徒明月打斗二十余招后,司徒明月便叫苦不迭,自己所学精萃尽出,却奈何不了段子羽分毫,暗自后悔,不该自负过甚。
段子羽意欲以摧心掌震碎她的心脏,不想发现司徒明月竟是女扮男装,也就掌剑齐撤,静观而待。
不想波斯总教风云三使者从天而降,段子羽以一敌三,酣斗中,流云使、妙风使被段子羽打倒在地,辉月使更是被震得口沁鲜血,五脏离位,面如金纸,气似游丝。明教众人见状,无法,也只得让三人从容离去。
三人行出数里,竟然遇到了三月未见履约而前来寻找段子羽的百劫师太。百劫师太得知段子羽现在已贵为华山掌门,心下愕然,当其得知其中原委,也是忍俊不住。
百劫师太知道段子羽限于年纪,功力,武功还未达到上乘,而觊觎九阴真经之人又何止万计,于是将自己俗家时的速成武功《弹指神功》与《兰花拂穴手》传授给段子羽。

百劫师太见到段子羽孺慕之色,虽感有些扭泥,心中却涌起一种异样的亲情,一时兴起,将两个半截的倚天剑送与段子羽。
段子羽谢过百劫师太后,不想得知张正常病重在塌。段子羽有感其传艺大德,便转道前往天师府以报叩谢之恩。段子羽有感其传艺大德,便转道前往天师府以报叩谢之恩。
张正常自知死期将近,担心爱女张宇真自幼被娇宠过度,娇纵性成,唯恐再生祸端,于是便有了托孤附婚之意。段子羽喜极而泣,连连允诺。随后,张正常将剑魔独孤求败昔日录下的独孤九剑剑谱交给段子羽,让其参详其中之意。
数日间,段子羽无事便开始研习独孤求败的“独孤九剑”。这日,段子羽与张宇正在城内乱转,岂料遇到了玄冥二老。鹿杖客见张宇真发束金冠,貂裘胜雪,艳丽风采,色胆包天之下,意欲先毙段子羽,后抢张宇真,三人大战三百余回合后,段子羽九阴白骨爪透骨直入玄冥二老,二人哪里还能闪避,被打的面目稀烂,魂飞魄碎,就此魂赴冥府。
此间,段子羽也得知,有一群会一阳指的和尚在西域查探自己的下落。一阳指自上代而绝本就是段子羽的心病,决定一有机会便去西域一探究竟。
转眼已是初春,张正常终于寿终正寝,魂游太虚仙境而去。过得几日,百劫师太和华山二老相继传书,言道天下武林局势有变,请他速返华山共商要事。

段子羽与张宇真挥泪而别,不日便抵达了华山。原来,江湖传闻,失踪多年的魔教教主张无忌现身江湖,而且明教众人也是纷纷前往光明顶集结。
与此同时,那两个半截的倚天剑也已被能工巧匠接续如初。段子羽想起前日会一阳指和尚之事,决定远赴西域查清事端。
这日,段子羽到了昆仑山脚下的父母之墓,就在祭拜之时,忽听周围步履杂沓,十几名和尚手持戒刀,环立周围。
原来,昔日段智兴在世之时,为避人耳目,尽数遣散四大家臣及天龙寺众,令其分居四处。段智兴遇害之后,天龙寺众日日在此守墓,希望等到后人将大理段家绝学、天龙寺绝艺一阳指谱和六脉神剑传与段家后人,今心愿已成,个个都是欢呼踊跃,老泪横流,呜咽出声。
天龙寺老僧觉得段智兴之死事有蹊跷,有可能是四大家臣中出了内奸,希望段子羽能详查内情。

段子羽首先便想到了朱武连环庄的武青婴与卫壁夫妇。待到段子羽到了昆仑山上,但见万丈深渊,云生雾涌,就在目眩神摇之时,不想竟被昔日自觉被辱的司徒明月所偷袭,双双掉下悬崖。