当年六大门派合围光明顶，华山派掌门鲜于通以身殒命，数十年来掌门之位更是形同虚设，华山二老对本派的兴衰大计忧心忡忡，于是遍访天下贤人，欲为华山派觅一掌门。
华山二老遇到一江湖术士，断言汉水河畔必能找到掌门之人，于是埋伏于汉水河畔，等待有缘人的出现，竟然遇到了刚和小昭分别的段子羽。
段子羽见二人坦诚相待，真心诚意，强逼之下也就不得不答应出任华山掌门。华山二老夙愿得偿，欣喜逾恒，随即将华山派的内功心法紫霞神功及华山绝学两仪刀法相授。
便在此时，英气逼人的明教教主杨逍入室大弟子地字门门主司徒明月，为明教寻仇而至。段子羽与司徒明月打斗二十余招后，司徒明月便叫苦不迭，自己所学精萃尽出，却奈何不了段子羽分毫，暗自后悔，不该自负过甚。
段子羽意欲以摧心掌震碎她的心脏，不想发现司徒明月竟是女扮男装，也就掌剑齐撤，静观而待。
不想波斯总教风云三使者从天而降，段子羽以一敌三，酣斗中，流云使、妙风使被段子羽打倒在地，辉月使更是被震得口沁鲜血，五脏离位，面如金纸，气似游丝。明教众人见状，无法，也只得让三人从容离去。
三人行出数里，竟然遇到了三月未见履约而前来寻找段子羽的百劫师太。百劫师太得知段子羽现在已贵为华山掌门，心下愕然，当其得知其中原委，也是忍俊不住。
百劫师太知道段子羽限于年纪，功力，武功还未达到上乘，而觊觎九阴真经之人又何止万计，于是将自己俗家时的速成武功《弹指神功》与《兰花拂穴手》传授给段子羽。
百劫师太见到段子羽孺慕之色，虽感有些扭泥，心中却涌起一种异样的亲情，一时兴起，将两个半截的倚天剑送与段子羽。
段子羽谢过百劫师太后，不想得知张正常病重在塌。段子羽有感其传艺大德，便转道前往天师府以报叩谢之恩。段子羽有感其传艺大德，便转道前往天师府以报叩谢之恩。
张正常自知死期将近，担心爱女张宇真自幼被娇宠过度，娇纵性成，唯恐再生祸端，于是便有了托孤附婚之意。段子羽喜极而泣，连连允诺。随后，张正常将剑魔独孤求败昔日录下的独孤九剑剑谱交给段子羽，让其参详其中之意。
数日间，段子羽无事便开始研习独孤求败的“独孤九剑”。这日，段子羽与张宇正在城内乱转，岂料遇到了玄冥二老。鹿杖客见张宇真发束金冠，貂裘胜雪，艳丽风采，色胆包天之下，意欲先毙段子羽，后抢张宇真，三人大战三百余回合后，段子羽九阴白骨爪透骨直入玄冥二老，二人哪里还能闪避，被打的面目稀烂，魂飞魄碎，就此魂赴冥府。
此间，段子羽也得知，有一群会一阳指的和尚在西域查探自己的下落。一阳指自上代而绝本就是段子羽的心病，决定一有机会便去西域一探究竟。
转眼已是初春，张正常终于寿终正寝，魂游太虚仙境而去。过得几日，百劫师太和华山二老相继传书，言道天下武林局势有变，请他速返华山共商要事。
段子羽与张宇真挥泪而别，不日便抵达了华山。原来，江湖传闻，失踪多年的魔教教主张无忌现身江湖，而且明教众人也是纷纷前往光明顶集结。
与此同时，那两个半截的倚天剑也已被能工巧匠接续如初。段子羽想起前日会一阳指和尚之事，决定远赴西域查清事端。
这日，段子羽到了昆仑山脚下的父母之墓，就在祭拜之时，忽听周围步履杂沓，十几名和尚手持戒刀，环立周围。
原来，昔日段智兴在世之时，为避人耳目，尽数遣散四大家臣及天龙寺众，令其分居四处。段智兴遇害之后，天龙寺众日日在此守墓，希望等到后人将大理段家绝学、天龙寺绝艺一阳指谱和六脉神剑传与段家后人，今心愿已成，个个都是欢呼踊跃，老泪横流，呜咽出声。
天龙寺老僧觉得段智兴之死事有蹊跷，有可能是四大家臣中出了内奸，希望段子羽能详查内情。
段子羽首先便想到了朱武连环庄的武青婴与卫壁夫妇。待到段子羽到了昆仑山上，但见万丈深渊，云生雾涌，就在目眩神摇之时，不想竟被昔日自觉被辱的司徒明月所偷袭，双双掉下悬崖。
