时光飞逝，Lynri已经是白发苍苍，依然持续投入研究，她和Quincy也已经多年没有联络了，她心里只有无限的悔恨。这时能够具现化记忆的机器已经成功被研发出来了。Lynri使用机器重建出当年她和Quincy的回忆，以及她受邀来到这座豪宅的那一天。她在回忆场景中创造出一个虚拟的Quincy，让他也参与自己的回忆。这就是故事一开始Quincy会来到豪宅的原因。玩家所操纵的Quincy，实际上只是一个程式码，因此他没有任何Quincy本人的记忆。不过他的乐观开朗性格和Quincy一模一样，尽管发现自己不是真人有一点沮丧，他还是尽力想帮助Lynri。
而Lynri的回忆重现实验却出现了差错，Dr. Haynes和Dr. Yu的死亡并不在她的预料之中。于是她一再地对场景进行重置，而同一时间Quincy凑巧到浴室洗手，才会产生洗手可以回溯时间的错觉。Lynri让Quincy看完她的回忆以后，暂时返回现实世界，让Quincy帮忙调查bug出现的原因。Quincy和煮饭机器人以及奇怪的猫咪一起在豪宅调查，最后他们来到地下室研究机构检查主机。此时附近的通风口竟伸出巨大的触手！毫不留情地破坏了主机。Lynri及时赶到现场，众多触手化身为一个神秘人。
神秘人和Lynri对谈后，Lynri震惊地发现：其实自己也是被创造出来的虚拟记忆！尽管Quincy（玩家）所在的世界是Lynri所创造的没错，但Lynri所处的世界也是由他人所创造，而那个他人又是由另一个人所创造。就这样，他们所处的世界位于众多世界的最后一层。而眼前这位神秘人，正是最初的造物者，也就是创造所有世界的人！
神秘人揭露自己的真面目，她是个长了翅膀的年轻女子。Faye说出故事的真相：现实中的Lynri，当初其实选择让孩子足月后再生产，因此孩子平安地诞生，而这个孩子后来被命名为“Neil”。没错，Lynri和Quincy其实就是主角之一Dr. Neil Watts的双亲！
生下孩子后，Lynri因为无法及时获得治疗，数年后便过世了，临终前在机构中留下了自己的记忆片段。她的儿子很不幸地也遗传了Lynri的疾病，但同时他也继承了Lynri的遗志，投身在记忆科学领域中，后来他到Corp Sigmund工作，为临死之人实现心愿，帮助了许多人。为了不幸早逝的母亲，Neil悄悄请Faye帮忙重建了双亲的记忆场景，在一个又一个虚拟世界中，试着找出各种可能性，在这之中是否有幸福的结局存在？
Faye说明完毕，让Quincy和煮饭机器人以及怪猫咪道别后，便带着Quincy和Lynri离开，来到所有世界之外。Faye摧毁了所有创造出来的世界，各种世界线的Quincy和Lynri也合而为一。Faye告诉他们，她创造了一个完美的幸福世界留给他们，只要走进这扇门，他们就会获得一个和现实截然不同、幸福美满的人生。
Quincy听了非常开心，迫不及待想和Lynri走进那扇门，开始新生活。但Lynri却感到犹豫，既然已经知道现实的他们命运是如此，这又有什么意义呢？Lynri实际上早就死了，和儿子天人永隔，她在这里过得幸福有什么用呢？但Quincy却说：这有什么关系？这里的一切虽然不是现实，但是对「我们」来说的确是「现实」啊！说不定Faye也不是真正的造物主，还有另一个创造Faye的人呢？FreeBird Game表示：无论如何，这一切就是他们的现实，这样就够了不是吗？Quincy问Lynri，是否愿意和他再来一趟旅程？
Lyrni同意了，他们携手走进那扇门，走进Faye承诺的幸福。在这个世界里，Lynri的疾病在她小时候就顺利治愈了。之后她和Quincy相遇相恋，在没有任何阻碍的情况下，两人到处旅行，顺利生下健康的孩子。Neil长大后和Eva恋爱、结婚、生子，一家人度过平凡又幸福的生活。最后Lynri和Quincy垂垂老矣，看着儿孙离去的背影，他们感到非常满足，这一切比他们预期都还美好。
