起底供奉日军战犯的寺院：曾虚报3000万维修费 住持曾参选公务员
而“杀人竞赛”中的另一位主凶，就是为田中军吉，以其“宝刀”砍死中国人300余人。有一幅著名的历史照片，一个头戴军帽，身穿白衬衫的日本军官，正举刀向跪在地上的中国青年砍杀。此人，就是田中军吉。山中峰太郎所写之《皇兵》一书详细记载了其杀人经过，后由东京国际军事法庭引渡回中国审判，1948年1月28日被执行枪决。
松井石根也是一位甲级战犯，是大亚细亚主义鼓吹者，南京大屠杀的主要责任人之一。1945年被盟军逮捕，1948年11月12日被远东国际军事法庭作为甲级战犯判处绞刑，12月23日零时在东京巢鸭监狱伏法。
而为这几个战犯供奉牌位的那个“吴啊萍”究竟是谁？目前还在调查中。侠客岛微博发文指出：“那个吴啊萍究竟是谁？希望当地能彻查并及时公布调查情况，给大家一个交代！”
共青团中央微博也发文怒批玄奘寺的这种行为，“数典忘祖，可耻，可恨！对这种伤害民族感情的行为必须一查到底！”。
据央视新闻，7月22日下午，南京市政府针对此事发布公告称：玄奘寺供奉南京大居杀战犯牌位事件造成恶劣影响，对此，南京市委市政府高度重视，迅速成立工作专班进行调查处置并决定：
责成玄武区民族宗教事务局撤换传真（俗名李义将）玄奘寺主要负责人职务；责令玄奘寺停止日常活动，并会同相关部门立即对其进行整顿。责成玄武区委按程序免去区民族宗教事务局局长胡圆圆职务。对市民族宗教事务局局长苏宇红予以诫勉。对市民族宗教事务局副局长纪勤予以停职检查。下一步，纪检监察机关、公安机关将对相关单位和人员作进一步调查，并依规依纪依法作出处理，绝不姑息。
玄奘寺曾陷诉讼纠纷，被游客投诉卖字画骗钱
公开资料显示，1942年2月23日，日军高森隆介在雨花台大报恩寺遗址附近修建神社，并在修建过程中挖到“三藏塔”遗址，发现了供奉有玄奘大师的顶骨舍利的石函，其中详细记载了唐代高僧玄奘顶骨舍利来南京安葬的经过。
此后日军曾欲将舍利偷偷转回国内，却因时刊《国民日报》刊登关于玄奘法师舍利子出土消息，迫于舆论压力将舍利交还给汪伪政府。
1943年初，汪伪政在九华山上建了一座砖塔，供奉玄奘大师的顶骨舍利，得名三藏塔。
直到2003年，2003年7月，南京栖霞寺监院传真法师，为继承玄奘大师民族精神，“教育今人，更激来者”，向市政府要求恢复了原山上的小九华寺，更名为南京玄奘寺，由栖霞古寺监院传真法师住持管理。
关于栖霞寺供奉舍利的故事，还被传真联系影视企业出品为电影。
而这部曾被誉为中国的《辛德勒名单》的《栖霞寺1937》，却因经费账目不明为由，其影片出品人传真法师与合作方南京精汇科技文化有限公司打起了官司，公映6年经历5场诉讼，争议不断。
传真当时则被社会质疑僧人“一身空”，资金来源大都是善款，但僧人用善款开公司赚钱盈利应该属于谁？此外赚的钱是否应用于公益、如何监督、如何纳税等问题也均未得到回应。
2018年2月，南京玄奘寺与深圳市成辉投资担保有限公司因建设工程合同纠纷闹上法庭。值得注意的是，这个案件当时被不少人质疑是玄奘寺借维修之名“侵吞公款”。
2011年3月24日，南京市民族宗教事务局向南京市政府发出《关于给予南京九华山山体和罗汉洞维修资金的请示》，主要内容是南京玄奘寺决定对寺内山体和山洞进行维修利用，约需资金3700万元，请南京市政府给予资金支持。
此后南京市玄武区发展和改革局发文《关于同意玄奘寺对九华山山体及罗汉洞维修项目立项的批复》，但评定项目总投资仅约200万元，且由南京玄奘寺自行筹措。
2014年，深圳市成辉投资担保有限公司与南京玄奘寺签订《南京市九华山公园玄奘寺项目投资协议》，约定双方共同投资开发南京玄奘寺修复扩建装修项目，被告南京玄奘寺承诺该项目由南京市有关政府部门立项批准，手续合法合规，一期山洞维修装饰项目暂定金额3000万元，并约定了违约金条款及其他事项。
