在漫长的进化历程中，微生物与宿主动、植物普遍共存，形成共生形式的微生态系统，共同参与机体复杂代谢。近年来，微生态研究逐渐受到了全球的瞩目，粪菌移植已成为生物医学和临床医学的研究热点。
粪菌移植的历史可以追溯到中国东晋时期，葛洪所著《肘后备急方》开“金汁”治疗疾病先河，《本经逢源》记载：“金汁得土气最久，大解热毒，故温热时行昏热势剧者，用以灌之，下咽其势立减”，历代医家多把它用来治疗湿热或热毒积盛性疾病。西方关于粪菌移植最早的报道出现于1958年美国，Eiseman等医生应用粪便灌注疗法治疗伪膜性肠炎，使重症感染患者得以康复。2013年华盛顿大学Surawicz C M教授把粪菌移植治疗复发性艰难梭状芽胞杆菌感染正式写入指南。直至今日，粪菌移植在炎症性肠病、帕金森病、血液系统等疑难病的治疗中仍有很大前景，关于微生态的各种研究也在如火如荼地进行着。其实除人的粪菌可用于临床之外，有些动物粪便也是疗效极佳的中药，有的还是名贵药材，在治病中发挥了特殊的作用，人们还为它们起了一些有趣的雅号。
- 望月砂
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又称明月砂, 为兔科动物野兔的干燥粪便。“望月”之名，乃出自嫦娥奔月的故事，野兔常站立起来东张西望，观察周围动静，古人以为它是敬拜随嫦娥奔月的祖先，野兔的粪便也由此而引申得名为望月砂。望月砂性味辛平，入肝、肺经，主要用于明目杀虫，治目暗翳障、痨瘵、疳疾、痔漏等症。
- 晚蚕砂
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始载于《名医别录》，为蚕蛾科昆虫家蚕幼虫的干燥粪便，以晚蚕者为佳。晚蚕砂性温，味甘辛，入肝脾胃经，具有祛风除湿、和胃化浊、活血通络等功效。魏玮主任在临床上常将晚蚕砂与皂角刺配伍，用于湿滞大肠而致的大便不畅，晚蚕砂可将湿热下导大肠，使浊阴得降，清阳自升，斡旋中焦气机，湿热从大便而去。现代研究认为，晚蚕砂中含有丰富的微生生物，能调节水液代谢，抑制致病菌增殖，促进有益菌生长，并维持和调节肠道菌群的平衡和丰度。
- 五灵脂
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是复齿鼯鼠的干燥粪便，复齿鼯鼠在高大乔木树上或陡峭岩壁裂隙石穴筑巢，可以像鸟一样滑翔飞行，又名寒号鸟。李时珍释其名曰：“其粪名五灵脂者，谓状如凝脂而受五行之气也”。五灵脂性味苦甘温，入肝脾经，能活血化瘀，行血止痛，临床多用于治疗心腹血气诸痛，跌打肿痛及妇科疾病。现代研究发现，五灵脂中含有高丰度的产短链脂肪酸有益菌，如拟杆菌、梭杆菌等，上述菌群与促进人类肠道健康密切相关。
- 白丁香
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即麻雀的粪便，又称为雀苏、青丹。其性温，味苦，有小毒，入肝、肾二经。具有消积，明目之功效。内服研末为丸、散；外用研细调敷或乳汁点眼。
- 龙涎香
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