当时，地中海的海盗活动猖獗，他们利用自己的船只、武装和罗马的贵族骑士串通一气，袭击来往商船，抢劫沿海城市，从事“贩卖人肉”的勾当。公元前67年罗马出现粮荒，人们认为这是海盗活动所致，强烈要求采取紧急措施。公民大会任命庞培为剿匪司令官，授与前所未有的广泛权力，配备给他25名副职，120，000步兵，4，000骑兵，270条战舰，限期三年内肃清。
庞培面对地中海海域辽阔而海盗神出鬼汉的情况，制定出分片包抄战术。他将地中海以及自己的军队和武器装备划为12部分，分别交与副将指挥，因此，在地中海上撤下罗网，形成地中海上处处有军队与海盗交战的态势。庞培还亲自巡查各个据点，加强对副将的监督。庞培军队规模之庞大，战术之高明，准备工作之充分，使海盗惊慌失措。大部分海盗隐蔽到山顶和港湾。庞培在付诸武力的同时，又对海盗施以怀柔宽大政策，对于一切放下武器者均保留生命与自由。在此情况下，海盗纷纷乞降，只是少数死硬分子遭到庞培的坚决镇压。最后，10，000多名海盗顽固分子被消灭，900艘船只被缴获，120座海盗要塞被摧毁。庞培还把俘虏的海盗或遣回各自国家，或迁往南海较远的地方居住，给以安置。庞培仅用3个月时间出色地完成了平定海盗的任务。长期以来停滞的海上贸易得到了恢复，意大利和地中海沿岸各国安全有了保证，地中海的控制权重新归于罗马。
公元前66年初，公民大会通过保民官马尼利乌斯提案，任命庞培为同本都国王米特拉达特斯六世作战的统帅，取代同本都国王交战已获重大成果的鲁库鲁斯并接管其军队。庞培来到东方后，首先同本都国王进行谈判，要求本都无条件投降，遭到拒绝。于是他率军围攻本都，断其粮道，威遏投降。最后本都国王无可奈风率精兵突围出去，庞培领兵穷追猛打。在幼发拉底河上游他追上并击溃了米特拉达特斯六世的军队。本都国王率领800骑兵勉强突围出去，庞培军乘胜追击，突入伊伯利亚(格鲁吉亚)和阿尔巴尼亚(阿塞尔拜疆)。但因在山区作战的巨大困难，庞培不得不中止出征，而满足于外高加索山区部落表面上的臣服，退回本都。公元前63年米特拉达特斯六世服毒身亡，庞培胜利地结束了米特拉达特斯战争。战后他把比提尼亚和本都合并为罗马行省，后又把叙利亚变为罗马行省。他在小亚细亚、巴勒斯坦到处活动、进行干涉，在加拉太、卡帕多基亚和犹太扶植了新的国王，使东方一些国家处于罗马的奴役之下。庞培本人成为东方一些王国的“王中之王”。他的权力和威望达到顶峰，成为罗马最有权势者。
公元前62年，庞培满载着东方的战利品返回罗马。由于元老院不满意他在东方搜自将行省包税权给予骑士，更担心他利用自己的影响实行独裁，因此迟至公元前61年8月，元老院才为其举行凯旋式。庞培请求元老院批准他在东方实行的各项措施，并分结他的老兵土地，遭到元老院断然拒绝。庞培极为不满，开始同元老院对抗。公元前60年他同恺撒和骑士派领袖克拉苏秘密结盟，即历史上的“前三头同盟”。经三头同盟活动，庞培在东方的措施得到批准。为了与恺撒更好勾结和利用，年近50岁的庞培娶了恺撒之女、年仅14岁的尤里娅。
“三头同盟”乃是陷于危机之中的共和制向新的帝制过渡的形式，也是三头为实现个人独裁的临时结合体。恺撒的实力和声望因在高卢的军事胜利而不断提高。庞培为了对抗两头，特别是对抗恺撒便逐渐向贵族派靠拢。公元前56年，三头为缓和矛盾在路卡举行会谈，达成协议，庞培与克拉苏任公元前55年执政官，任满后分别为西班牙和叙利亚总督，恺撒在高卢的权力则延长五年。但是，庞培在公元前55年任满之后，为了控制罗马政局，将自己的军队和西班牙委托给副将管理，自己始终坐镇罗马。就在此时，为收买人心，他奉献给罗马一座宏大的新剧院。
公元前53年克拉苏死于帕提亚战争，这宣告了“三头同盟”的结束。庞培和恺撒的关系因尤利娅的死亡也告断绝。两人之间争夺独裁的内战势在必发。
当时，罗马政局动荡不安，社会秩序空前混乱，对抗元老院的情绪日益增强。元老院为了平定骚乱，开始物色称职官员，而当时只能在庞培与恺撒之间挑选一人。元老院意识到庞培绝非理想的人物，因为他不是真正贵族派人物，为实现个人野心，善于投机钻营。然而恺撒在骑士、平民中的深厚基础，以及他军事力量的激增所给予脆弱共和政体的威胁，使元老贵族更具戒心。元老院不得不与庞培修补旧痕，言归于好。元老院授权庞培为唯一执政官任期两个月，其权力几乎和“狄克推多”[独裁官]相似。
