庞培上任后，迅速从意大利调集军队镇压乎民的暴动。为了维护贵族派利益，他于公元前53年颁布法令，反对暴力，反对官员受贿，改革诉讼程序，重新审查法官名单，并宣布任何人都可提出对70年至52年间官吏的指控。他利用职权，把锋芒指向恺撒，提出执政官和行政长官在罗马任职和任满后出任行省总督之间，应有五年间歇期的法律。他在第二年又阻止恺撒延长高卢总督的任期，限于公元前49年3月任满解职。于是，庞培和恺撒最后公开决裂。
公元前49年1月，新的内战帜幕终于拉开。元老院宣布全国处于紧急状态，宣布恺撒为公敌，命令庞培在意大利招募新的军团，庞培把恺撒的拥护者和两名保民官逐出城外。1月10日，恺撒以“保卫人民夙有权力”为名，渡过卢比孔河，迅速迫近罗马，此时庞培征兵工作尚未完成，因此他和大部分元老封闭国库，仓皇逃往巴尔干。
庞培放弃意大利后，寄希望于他的海上部队和隶属于罗马的东方各国国王、部落显贵，企图从希腊组织反攻。他在那里集合了11个军团，7，000骑兵以及由600艘战舰组成的舰队。恺撒在占领意大利，巩固政权，肃清西班牙等地庞培的势力之后，在公元前 48年发动与庞培争夺东方行省的战争。他率领10个军团，10，000名高卢骑兵出征庞培。开始，庞培军队占据优势，在著名的季拉基乌姆战役中，庞培两次大败恺撒，大大挫伤恺撒军队的士气。
公元前48年8月9日，著名的法萨卢战役是庞培和恺撒进行的最大的也是最后一次决战。战争伊始，庞培集中所有的骑兵打击恺撒骑兵。恺撒见此情景，立即向早已埋伏的3，000步兵发出进攻信号，于是伏兵突然进击，举起长矛向庞培骑兵的脸上猛刺。庞培骑兵难以招架，狼狈而逃。庞培军左翼彻底溃散，其余军团看到左翼已败，也不战而退。结果全军覆灭。其实庞培的最终失败是历史的必然。因为他代表了顽固维护旧制度、阻碍历史前进的没落的贵族派利益。
庞培在失败之后，企图在埃及寻求藏身之所。公元前48年9月28日，就在他乘坐的小船靠岸之时，埃及国王托勒密十二世的侍从挥剑向他的脊背刺去，结果了他的性命，终年58岁。
点评：庞培之于凯撒正如华伦施泰因之于古斯塔夫，生不逢时，一个伟大人物成就了另一个更伟大的人物。
