南丹地名始见于宋元丰（公元1085年）前，以出产朱砂（又称丹砂）向朝廷进贡，又地处南方，故称南丹。
南丹县境辖地历史源远流长，据史书载，早在殷、周时期就有许多部族在境内生息、繁衍。南丹西北部（今月里、六寨、里湖一带）古为“夜郎”国属地。
秦时称蛮地；汉属牂牁郡毋敛县地；直至晋朝（公元265—420年）仍沿袭汉制。梁、陈（公元502—589年）时期，废毋敛县，县地归属马平郡管辖。隋时（公元589—618年）归黔安郡。
唐时，因为极边之地，朝廷在境置羁縻州，属黔州都督府，五代十国改归宜州。
宋开宝七年（974年）开始，壮族土酋莫洪燕纳土归宋，朝廷废除羁縻州，始建南丹州。大观元年（公元1107年）南丹州改称观州。绍兴四年（公元1134年）废观州，复称南丹州。属庆远府辖。
元十四年（公元1278年），南丹土官莫大秀奉表内附，南丹州改称南丹安抚司。大德元年，南丹安抚司与庆远路同省之，设庆远南丹溪洞等处军民安抚司。
明洪武元年（公元1368年）南丹土司官莫天护纳土归明，南丹设州，仍属庆远府。洪武二十八年（公元1395年）废南丹州设南丹卫，正统十年（公元1445年）恢复南丹州。
清光绪三十年（公元1905年）改土归流，实行弹压制，属庆远府。
民国二年（公元1913年）南丹土州改属柳江道。七年（公元1918年）废南丹州建南丹县。十九年（公元1930年）南丹改隶宜山民团区。二十一年（公元1932年）南丹改属柳州民团区。二十五年（公元1936年）十一月，南丹改属庆远行政监督区。二十九年（公元1940年）属第七区行政督察专员兼保安司令公署。三十一年（公元1942年）改属第二区。三十七年（公元1948年）隶属第十区。
1950年1月14日南丹解放，属宜山专区。
1958年5月，划归属柳州专区。
1965年5月，划归新成立的河池专区。
1971年，河池专区改称河池地区，南丹县属河池地区管辖。
2002年11月1日，河池市正式挂牌成立，南丹县属河池市。
