朱棣当然不会直接当众杀了建文帝，但是建文帝朱允炆的下场无非就两个，一个是在叔叔朱棣的教育下“痛改前非”，把祸乱朝政的奸臣都杀掉后再坐几个月龙椅便禅让给朱棣，而后就会莫名暴毙了；第二个就是朱允炆突然病死，然后朱棣直接登基。但是无论是哪个情况，都不重要了。史册记载朱允炆可能是跑路了，也可能是自焚而亡了，同样这两个情况也是不重要，一点也不影响后来朱棣会登基成为新一任皇帝。因为朱棣是根本不可能放过朱允炆的，为什么朱棣会造反？那不就是朱允炆的削藩从而逼迫他造反的，如果不造反那就得死，造反失败了也得死，但是成功了却可以改变命运，改写历史从而千秋万代。在这种情况下造反成功，怎么可能会让罪魁祸首有好的下场呢？ 根据史料记载，朱棣在攻破京城之后，还特地派了一队人去“保护”建文帝，后来这队人马匆匆赶回来汇报说皇宫突然起火了，已经找不到建文帝的下落。朱棣听闻后大惊，赶紧增派人手去救火。在大火烧了一段时间灭了之后朱棣的手下从烧毁的遗迹中找出了两具烧焦的尸体但是朱棣也不能确定这是不是建文帝和他的皇后。此时姚广孝却对他说这就是皇上和皇后的尸体，朱棣何其聪明一下子便明白了姚广孝的意思，抱着他的好侄儿和侄媳的尸体哭丧起来，说自己只是来靖难的为什么那么傻要自焚。从这里我们不难看出，就算朱允炆当时没有自焚，或者没有逃跑，就在皇宫等着朱棣，这重要吗？其实不重要的，建文帝是生是死，全是朱棣一个人说了算。成王败寇，在城门被朱棣攻破的那一刻其实建文帝已经死了，他不死的话朱棣何以自处啊？连怎么安置这个皇帝侄子都让朱棣头痛了，肯定不能当面杀，但是也不能软禁否则这不是自己坐实了自己就是弑君夺位的吗？这跟他扛得靖难大旗可不符合呀，所以最好的一个办法就是破城的时候偷偷弄死朱允炆然后就随便说一个理由出来跟自己摆脱干系，这才能保证他后来的登基没有别的意外。
因此要是问朱棣敢不敢杀建文帝，那是必然的，只是怎么杀的体面而已。
朱棣
建文帝可能跑了，也可能是自焚而亡。不过这不重要。当时不管朱允炆怎么着，他没自焚也好，不逃跑也好，只要他活着被朱棣活捉，必然是个死。因为史料中对朱棣继位的记载，非常有内涵。
根据史料记载，朱棣初进南京时，城内乱成一锅粥，为了抢占先机，朱棣把兵马分成了四部分：其中实力最强的一队被派去镇压以徐达大儿子徐辉祖为首的抵抗势力；第二队派去天牢释放被建文帝拘押的几个王爷；第三队被派去皇宫，“保护”建文帝。
至于第四队则由朱棣自己亲自带队，作为战场的预备队。
三队人马派出后，镇压抵抗势力的一队进展非常不顺，因为徐辉祖死不投降，跟燕军在城内打巷战。营救王爷的一队则很顺利，被拘押的王爷很快就救出，并送到朱棣面前。
但就在朱棣与弟弟们碰面，抱头痛哭时，第三队的人突然来回报说，皇宫起火了，已找不到建文帝的下落。朱棣听闻大惊，立马增派人手去灭火。表示一定要保护好建文帝。
大火烧了一段时间后，终于被扑灭。朱棣的手下从火堆里扒出两具尸体，说是建文帝和皇后的。当时这两具尸体已经烧的跟黑木碳差不多了，朱棣不确定这是不是朱允炆，因而特别犹豫要不要把消息公布天下。
就在朱棣正犹豫时，他的军师姚广孝悄悄的对朱棣说：这两具尸体就是皇上和皇后！他们死得其所。你赶紧宣布。
朱棣很聪明，瞬间明白了姚广孝的意思。于是他立刻就认定两具尸体是自己的好侄儿和侄媳妇，扑上去就抱着尸体号丧：你们怎么这么傻啊，我是来帮你清除奸臣的，你们咋就自焚了啊？
哭过一番后，朱棣安排人下葬。随后他马上与姚广孝一起商量自己称帝的事宜。朱棣当时是想立即称帝的。因为名不正言不顺，他如果不称帝，大家不会服他。甚至就连南京城里的老百姓也不会服他。
但姚广孝很精明，他看得更远。他劝朱棣再忍忍，先不要登基，还可以等南京再乱一点了称帝。到那时候，天命所归，大家希望朱棣能出来收拾残局，便会真心拥戴他称帝。
