布劳希奇毫无异议地接受纳粹军队的新的领导体制，许诺要使陆军更加密切地信奉国家社会主义，同意在陆军高层将领中进行大量的人事变动。正因为如此，希特勒在1938年2月4日向全国宣告：“从现在起，整个国防军的指挥权都直接掌握在本人手中了！”
1939年9月，布劳希奇直接指挥德军入侵波兰，第二次世界大战全面爆发。德军在36天之内便征服波兰，取得首次“闪击战”的胜利，而这些战役是希特勒没有直接干预的。布劳希奇表现绿奴交友论坛了他出色的领导和指挥才干，尽管他有些零碎地使用其装甲部队，而且使用过于谨慎。
布劳希奇似乎是反对与西方盟国进行战争的，但当希特勒于1939年9月17日对他的将军们作长篇讲话后，这位陆军总司令于10月7日向希特勒提出进攻西方盟国的“黄色计划”。这被认为是19世纪的施利芬计划的翻版，希特勒对此并不欣赏。11月5日下午，布劳希奇晋见希特勒，这次会见给布劳希奇的前途留下了致命的创伤。希特勒要求把进攻法国的日期定在1939年11月12日，布劳希奇对此提出比较正确的意见，如陆军没有作好准备，潮湿的冬季气候将妨碍装甲部队的前进并限制空军的作战行动等，但同时作出了某些相当愚蠢的评论，称步兵在波兰缺乏进攻精神，某些部队存在“兵变”以及前线的无组织无纪律现象，甚至还拿1939年的陆军状况同1918年第二帝国崩溃时的陆军状况相比较。希特勒听毕勃然大怒，大声叫嚷“陆军总司令竟如此给陆军抹黑简直不可思议！”最后，希特勒怒气冲冲地走出房门，啪地一声把门关上，留下脸色苍白而浑身发抖的布劳希奇。第二天，布劳希奇回到措森仍不能连贯地说出话来。
1940年1月底，布劳希奇在希特勒眼中的价值降得更低了。希特勒的军事副官施蒙特从西线视察归来，随身带回曼斯坦因提出的进攻计划。该项计划与希特勒曾提出过的计划本质上不谋而合，因而深得希特勒的赏识。而布劳希奇曾压制过曼斯坦因的意见，拒绝将其备忘录提交给总理府，这一事实无疑又在希特勒的印象中留下了阴影。从此，希特勒再也没有认真听取过作为陆军总司令的布劳希奇的意见。
德军对西欧的进攻于1940年5月10日开始，6月27日，德国与战败的法国在贡比涅签署停战协定。布劳希奇与另外11位将军一起晋升为元帅，尽管希特勒可能更愿意在此之前撤换布劳希奇，但元首却不可能在没有晋升陆军总司令时晋升他人。
早在1940年7月2日，布劳希奇就曾明确指示总参谋长哈尔德考察进攻苏联的可能性。因而，当7月21日被希特勒召至上萨尔茨堡受领征服苏联的指示时，布劳希奇并不感到惊奇。次日，布劳希奇指示哈尔德制订详细作战计划。8月5日，布劳希奇将总参谋部拟制的马克斯计划呈交给希特勒，该项计划将作战的主要目标确定为莫斯科。尽管希特勒并不认为占领莫斯科特别重要，而且认为占领作为共产主义象征的列宁格勒是首要目标，但该项计划仍是德军战略的主要基础。
布劳希奇从不敢对希特勒入侵苏联的决心提出疑问，尽管入侵苏联将导致可怕的两线战争。三位集团军群司令在受领任务后曾就此问题向布劳希奇提出抗议，布劳希奇的答复是他同他们一样持有这种恐惧心理，但也无能为力。当希特勒指示陆军进行“无情的种族战争”、要求就地枪决苏军政治干部时，曾有几位军官要求布劳希奇提出抗议，布劳希奇则拒绝去冒激怒元首的风险。
入侵苏联从1941年6月22日开始。德军在战争初期取得了“闪击战”的胜利，但在关于未来作战进程的战略问题上元首与将领产生了分歧。布劳希奇、哈尔德、博克等主张中央集团军群继续进攻，目标直指莫斯科，但希特勒固执己见，严厉指责布劳希奇太容易受其部属影响。与此同时，中央集团军群滞留长达3个星期，错过了良好的夏季作战气候。8月24日，希特勒硬是从中央集团军群抽调第3装甲集群向北进攻列宁格勒，抽调第2装甲集群向南进攻基辅，导致中央集团军群兵力严重分散削弱。在此期间，苏军乘机加紧组织保卫莫斯科的中央防线。
到9月15日，希特勒才决定派遣中央集团军群去攻打莫斯科，但为时已晚。进攻开始还算顺利，但从10月中旬开始，雨季造成道路泥泞，部队的进攻和补给严重困难。随后，气候日渐恶劣，德军缺乏冬季作战准备，处境艰危。由于苏联军民的顽强抵抗，莫斯科攻而未克，1941年12月5日，德军被迫停止进攻。也许布劳希奇意识到自己将成为德军首次重大失败的替罪羊，加之11月10日恶性心脏病发作，布劳希奇于12月6日提出辞职，但未获希特勒的批准。
