进入山门，便是弥勒佛殿，殿内供奉袒胸露、面带笑容的弥勒佛，背后韦驮天王，昂首挺立。出殿拾级而上，是寺内的主要殿堂枣大雄宝殿，殿内供奉着高达10米的释迦牟尼佛。其后为毗卢宝殿，雄伟庄严，正中供奉高约5米的金身毗卢遮那佛，弟子梵王、帝释侍立左右，二十诸天分列大殿两侧。佛后是海岛观音塑像，观世音伫立鳌头，善财、龙女侍女三旁，观音三十二应化身遍布全岛。堂内塑像，工艺精湛，入化传神，令人赞叹。
过了毗卢宝殿，依山而建的是法堂、念佛堂和藏经楼。藏经楼左侧为“过海大师纪念堂”，堂内供奉着鉴真和尚脱纱像，陈列着鉴真第六次东渡图以及鉴真和尚纪念集等文物。寺内还新建了玉佛楼，正中供奉一尊高1.5米，重390公斤的玉佛像，玉佛雕凿精细，装金着彩，是台湾僧人星云大师捐赠的。
舍利塔，在寺外右侧，是南唐遗物，长江以南最古石塔之一，距今已1400多年历史，为中国最大的舍利塔，栖霞寺内最有价值的古建，建于隋仁寿二年（602年），七级八面，用白石砌成，高约15米。塔基四面有石雕栏杆，基座之上为须弥座，座八面刻有释迦牟尼佛的“八相成道图”，有白象投胎、树下诞生、九龙浴太子，出游西门、窬城苦修，沐浴坐解、成道、降魔和涅槃。宝塔图像严谨自然，形象生动，雕刻十分精致，构图颇富有中国画的风格，为中国五代时期佛教艺术的杰作。历经千年风雨，虽有部分石檐毁坠，仍巍然屹立，成为金陵佛气极盛的见证。
大佛阁。又称三圣殿，供无量寿佛，为南齐时代开凿，位于舍利塔东。佛像坐身高十点八米，连座高十三点三米，观音、势至菩萨左右立侍，高十一米。佛像的衣褶风格，颇似大同云冈石窟之佛。原为舍利塔旁的两尊接引佛，高三米多，秀美典雅，与洛阳龙门石佛相似，亦为中国佛教艺术黄金时代的绝世珍品。栖霞寺为唐代鉴真和尚足迹所至之处，寺内藏经楼院内设“鉴真和尚纪念堂”，供奉着1963年日本代表团访问南京时赠送的一尊鉴真和尚脱胎塑像。
千佛岩。大佛阁后，舍利塔东，无量殿后山崖间，是千佛岩，有“江南云岗”之称，是中国唯一的南朝石窟。据《栖霞寺碑》载，南朝齐代明僧绍死后，其子仲璋与沙门法度首先在西峰两壁上镌造无量寿佛及观音、势至两菩萨。相传佛像雕成后，在佛龛顶上放出光彩，于是，齐、梁的贵族仕子，风闻而动，各依山岩的高下深广，在石壁上凿雕佛像。历代开凿了七百尊佛像。梁代临川王萧宏将佛像加以装饰，金碧焕然，是中国古代雕刻艺术的杰作。
无量殿。为千佛岩最早最大的佛龛。无量寿佛居中，两侧分侍观音、大势至，造像身段匀称，线条流畅。三佛衣褶作风与云冈石窟酷似，
