这一次清朝上下决心不再让步，63岁的陕甘总督左宗棠抬着棺材从京城出发。马革裹尸，抬棺出征。书生励剑挽狂涛，楚地儿郎尽挥旄。一年之后阿古柏兵败自杀，除伊犁河上游外新疆全境光复。
1881年清使再赴俄，双方签署《中俄改订条约》，伊犁重回祖国版图。
在清朝痛失领土的同时，伊犁河谷由原来的中心位置沦落为靠近边境的前哨站。
图-航拍乌鲁木齐
此时不论出于军事上御敌的需要，还是对新疆剩余地区的联络沟通，伊犁都不再适合作为行政中心而存在。那么退而求其次，新疆的首府应该转向何处呢？显然要么乌鲁木齐，要么喀什（喀什噶尔）。
图-乌鲁木齐
然而喀什距边境也不远，乌鲁木齐处于新疆的中心地带，无论在军事、商业还是交通上都比喀什适合。
