上世纪八十年代后期及九十年代初期，核工业经历了军转民和各项改革深化的过程，与核工业紧密联系的一些高校因此受到冲击。由于毕业生就业市场萎缩等原因，有些高校的核专业转向或停止了本科招生。
而作为在中国核工业的摇篮里成长起来的高校，南华大学牢记使命，坚守阵地，办学实力不但没有削弱反而得到加强。期间，学校适应核工业改革和高等教育发展的形势，积极加强专业建设和调整，改造传统专业，增设急需专业，拓展培养口径，培养的人才不仅可以满足核工业的需要，也可以满足国民经济其他部门的需要。
2000年9月20日，国家教育部副部长周远清(前右)和湖南省人民政府副省长唐之享(前左)为学校揭牌
正是建立在坚守的基础上，南华大学的核学科实力越来越强。2000年率先在全国高校中成立了核科学技术学院；2002年，中国一流且具有国际影响的核工业第六研究所并入南华大学，核特色进一步彰显和强化；2003年,南华大学成为博士学位授权单位,核技术与应用成为第一批拥有博士学位授予权的专业。
发扬核特色
如今的南华大学拥有国内最齐全，层次最完整，培养规模最大的＂核特色”专业群；辐射防护、核环境保护为特色的“环保优势”专业群。南华大学拥有的氡湖南省重点实验室是国家唯一授权的氡及其子体专项计量检定实验室。
学校现有核工程与核技术、辐射防护与核安全、核化工与核燃料工程和核物理四个本科专业。其中，核工业与核技术是国家一流本科建设专业、国家一类特色专业、国家国防科工局重点建设专业；核物理是国家一流本科建设专业和省级基础学科拔尖培养基地；核科学与技术一级学科是湖南省内一流建设学科，拥有一级学科博士点和博士后流动站。学科综合实力处于全国前列，具有核能科学与工程、核燃料循环与材料、核技术及应用、辐射防护及环境保护四个硕士学位点。
在校友会最新发布的《2021年湖南省一流专业排名》中，南华大学的辐射防护与核安全、核工程与核技术、核化工与核燃料工程和核物理四个本科专业均居于湖南省第一。
2020年4月，国家科学技术部下发有关通知，南华大学“核医结合创新人才培养示范基地”成为湖南省唯一入选的国家创新人才培养示范基地，实现了南华大学国家级平台的重大突破。10月，南华大学校长张灼华称，学校将汇聚各方优质资源，牵头组建国家核安全治理现代化协同创新联盟，培育生态环境与核安全领域、医学领域、核医学结合领域国家重点实验室，积极参加生态环境与核安全等领域国际合作、国际交流与国际事务。
传播核精神
在对学生的培养过程中，南华大学注重加强“事业高于一切、责任重于一切、严细融入一切、进取成就一切”的核工业精神教育，被中国核工业集团公司授予了为中国核工业培养和输送人才“突出贡献奖”。2018年，南华大学入选第二批全国核科普教育基地，是入选全国核科普教育基地的单位中唯一的高校。
