明朝撤销了路一级的区划，形成了省、府、县三级区，这样的划分非常经典。同时，设立了布政使、按察使、都指挥使三司并立。这样的区划模式，延续了几百年，直到1912年清朝灭亡。在明朝第三位皇帝朱棣在位时期，明朝迁都以后，形成了南北直隶与13个省的区划。我国很多省份的大体区划，都是在明朝统治时期确立的，例如河南省、山西省、山东省等等。
云南省的情况特殊，在明朝统治时期，云南省的区划结构，与现在仍有很大的差异。在明朝统治时期，云南省内的区划非常复杂，出现了一系列的州府。而且划分的州府很多，分别是：云南府、永昌军民府、永宁府、鹤庆军民府、曲靖军民府、景东府、元江军民府、广西府、广南府、顺宁府、寻甸府、楚雄府、澄江府、镇沅府、通西府、武定府、平缅府、蒙化府、孟爱府、孟艮御夷府、孟定御夷府、孟隆府、木朵府、木来府、丽江军民府、临安府。
17世纪中期，清朝确立了自己的通州以后，根据自己的需要，调整了部分省份的区划。最终，形成了内陆十八省的区划。在雍正皇帝在位时期，调整了四川、贵州、云南等西南省份的区划。在雍正皇帝在位时期，云南省的区划基本上稳定下来。
分为：云南府、武定府、大理府、鹤庆府、丽江府、永北府、永昌府、顺宁府、楚雄府、姚安府、景东府、蒙化府、普洱府、曲靖府、昭通府、澂江府、广南府、东川府、开化府、广西府、临安府、元江府、镇沅府、镇雄州等地。当时，红河州下辖的各个县，基本上隶属于临安府、广西直隶州等地管理，而且各地的区划也非常复杂。
1912年，清朝灭亡以后，我国陷入了军阀混战的局面。由于各路军阀混战，对云南各地造成了严重的破坏，急需进入休养生息状态。一转眼到了建国初期，随着局势的稳定，我国进入了战后重建、恢复生产、经济发展的阶段，各地一系列重要项目也陆续开始。在云南省内，设立了一系列的专区，例如宜良专区、蒙自专区等等。
起初，蒙自专区下辖了1个县级市、11个县，分别是：河口市、个旧县、蒙自县、屏边县、元阳县、金平县、红河县、元江县、石屏县、建水县、曲溪县、开远县。1951年，个旧县被提升为个旧市。1952年，龙武县设立，划入了蒙自专区。同一年，红河县被撤销，设立了红河县哈尼族自治区（县级），继续隶属于蒙自专区管理。
随着其他区域的调整，蒙自专区下辖了1个县级市、1个自治区、9个县。1954年，红河县哈尼族自治区被提升为红河哈尼族自治区，原来的红河县哈尼族自治区重新更名为红河县。与此同时，蒙自专区的元阳县、金平县，划入了红河哈尼族自治区管理。至于蒙自专区，元江县划入了玉溪专区管理。同时，宜良专区的弥勒县彝族自治区，划入了蒙自专区管理。
再加上河口县级市重新调整为河口县，此时，蒙自专区下辖了8个县、1个自治县。到了1957年，蒙自专区被撤销，下辖的各个县，划入了红河哈尼族自治区管理。几个月以后，红河哈尼族自治区更名为红河哈尼族彝族自治州。截至这个时候，红河州的大体轮廓已经基本形成。
60年代，由省直辖的个旧市，划入了红河州管理。再加上与周边专区和自治区的调整，截至60年代末期，红河州的区划为1个县级市、10个县、2个自治县。进入70年代末期以后，随着我国经济的持续高速发展，为了适应时代发展，我国很多省份下辖的地区，陆续调整为地级市。与此同时，很多地级市的区划也开始进一步扩大。
