其次，各地机构的结构粗犷，效率非常低。到了元朝统治末期，行省区划已经基本崩溃，接近于名存实亡。1368年，朱元璋建立明朝以后，在元朝行省的基础模式上，根据明朝的实际需要，进一步调整了各地区划。撤销了路一级的区划，形成了省、州府、县三级区划。这一区划模式非常经典，先后沿用了几百年。在此期间，还设立了布政使、按察使、都指挥使的并立模式。
在明朝第三位皇帝朱棣在位时期，随着明朝的迁都，进一步形成了南北直隶与13个省。我国很多省份的大体区划，基本上都是在明朝统治时期确立的，例如河南省、福建省、浙江省等等。浙江省的区划形成以后，下辖了11个府，分别是：杭州府、嘉兴府、湖州府、宁波府、绍兴府、台州府、金华府、衢州府、严州府、温州府、处州府。
其中，杭州府、湖州府、嘉兴府被称为下三府，其他8个府被称为上八府，宁波府则为上八府之首。17世纪中期，清朝确立了自己的统治以后，进一步调整了各省的区划。最后，形成了大清内陆18个省的区划。在清朝统治时期，浙江各个府的区划出现了一定的调整，但并不是很大。
其中，湖州府下辖了7个县，分别是：归安县、乌程县、长兴县、德清县、武康县、安吉县、孝丰县。在历史上，湖州府非常著名，因为湖州盛产蚕丝、砚台、毛笔和茶叶，具举足轻重的地位。尤其是湖笔，被称为书画之盛。1912年，清朝灭亡以后，我国进入了军阀混战的阶段。浙江省的地理位置非常重要，各地军阀反复争夺，经济遭到了严重的破坏。
一转眼到了建国初期，随着局势的稳定，我国进入了经济发展、战后重建、恢复生产的阶段。一系列的重要项目，陆续在浙江各地开始，在浙江各地设立了一系列的专区，例如嘉兴专区、温州专区等等。当时，湖州市下辖的各个县，基本上隶属于嘉兴专区管理。
嘉兴专区下辖了2个县级市、10个县，分别是：嘉兴市、湖州市、嘉兴县、平湖县、桐乡县、海宁县、崇德县、嘉善县、吴兴县、长兴县、德清县、海盐县。50年代初期，江苏省与浙江省进行了一轮区划调整。江苏省的嵊泗县，划入了浙江省管理。作为交换，太湖大部分水域划入了江苏省的无锡、苏州等地管理。湖州虽然就在太湖岸边，但只有岸边50米水域的管理权。
因此，出现了“湖州不管湖”的说法。1954年，鉴于嘉兴市、湖州市的经济地位，两个市被提升为地级市。不过，仅仅只有4年时间。1958年，湖州市、嘉兴市被降级为县级市。1959年，嘉兴专区行署从嘉兴市迁移到了湖州市。60年代末期，我国所有的专区更名为地区以后，嘉兴专区更名为嘉兴地区。
进入70年代末期，随着我国经济持续发展，为了适应时代，我国很多省份下辖的地区，陆续调整为地级市。与此同时，一些县级市逐步扩大。在这方面，作为东南沿海省份，浙江省的反应非常快。1981年，嘉兴地区的吴兴县被撤销，并入了湖州县级市管理，这是湖州市扩大的第一步。1983年，嘉兴地区被撤销，设立了嘉兴地级市、湖州地级市。
原嘉兴地区下辖的德清县、长兴县、安吉县，划入了湖州市管理。与此同时，湖州市设立了城区、郊区，总计5个区县。随着湖州市的持续发展，城区人口进一步增加，城市面积进一步扩大。1993年，湖州市郊区撤销，设立了南浔区、菱湖区。此时，湖州市下辖了3个区、3个县，分别是：城区、南浔区、菱湖区、德清县、长兴县、安吉县。
