到了元朝统治的末期，出现了一系列的问题。1368年，朱元璋建立明朝以后。在元朝行省的基础上，根据实际需要，进一步调整了各地的区划。首先，撤销了路一级的区划，形成了省、府、县三级区划，这样的区划模式非常经典，延续了几百年时间。同时，设立了布政使、按察使、都指挥使三司并立的模式。
在明朝第三位皇帝朱棣在位时期，明朝完成了迁都，逐步形成了南北直隶与13个省的区划结构。我国很多省份的大体区划，基本上都是在明朝统治时期设立的，例如河南省、浙江省、福建省等等。当时，福建省下辖了8个府和1个直隶州，分别是：福州府、漳州府、泉州府、邵武府、延平府、汀州府、建宁府、兴化府、福宁直隶州。
其中，漳州府下辖了龙岩县、龙溪县、南靖县、长泰县、漳浦县等5个县。17世纪中期，清朝确立了自己的统治以后，进一步调整了各地的区划。最终，形成了内陆18个省的区划。在清朝统治的初期，郑成功一直依靠漳州、厦门等地，与清朝对抗。到了清朝康熙皇帝在位时期，福建省的区划出现了很大的调整。随着台湾郑氏集团被平定，清朝设立了台湾府，隶属于福建省管理。
此外，福宁直隶州也被提升为福宁府。清朝统治时期，福建省下辖了10个府和2个直隶州，分别是：福州府、兴化府、泉州府、漳州府、延平府、建宁府、邵武府、汀州府、福宁府、台湾府、永春州、龙岩州。起初，漳州府下辖了10个县。但到了雍正皇帝在位时期，龙岩县被提升为龙岩直隶州。随后，漳平县、宁洋县划入了龙岩直隶州管理。
此后，漳州府的区划调整为下辖7个县、2个散厅，分别是：龙溪县、海澄县、长泰县、南靖县、平和县、漳浦县、诏安县、雲霄厅、南澳厅。1912年，清朝灭亡以后，我国进入了军阀混战的局面，各地遭到了严重的破坏。由于战乱和自然灾害不断，各地群众急需休养生息。一转眼到了建国的初期，我国进入了战后重建、恢复生产、经济建设的阶段。
随着局势全面稳定，一系列项目在福建省设立。与此同时，福建省内设立了一系列的专区，例如闽侯专区、龙溪专区等等。起初，龙溪专区下辖了龙溪县、长泰县、海澄县、漳浦县、东山县、诏安县、云霄县、平和县、南靖县、华安县等10个县。1950年，在龙溪县部分乡镇的基础上，设立了漳州县级市。此时，龙溪专区更名为漳州专区，漳州专区下辖了1个县级市、10个县。
到了1955年，漳州专区重新更为名龙溪专区。1958年，在福建省的整体区划调整中，龙溪县和海澄县被合并，组成了龙海县。60年代末期，我国所有的专区更名为地区以后，龙溪专区更名为龙溪地区。此时，龙溪地区下辖了1个县级市、9个县，总计10个县市。
进入80年代初期，随着我国经济持续高速发展，为了适应时代发展，我国很多省份下辖的地区，陆续调整为地级市。与此同时，一些县级市陆续被提升为地级市。1985年，龙溪地区被撤销，设立了漳州地级市。原来的漳州县级市，设立为芗城区。此时，漳州市下辖了1个区、9个县。随着漳州市的持续发展，1993年，龙海县被撤销，设立了龙海县级市。
