不久后，任正非患癌需要手术，担心走漏风声引起负面影响，因此对外严格保密。
从任正非被推进手术室，到术后被推回病房，只有孙亚芳一个人陪着。
任正非手术全部流程都是孙亚芳亲手操办，而且效率奇高。以至于在任正非手术后，休养了好一段时间，都没人发现他住院了。
值得一提的是，孙亚芳与任正非关系密切，也总能精准领会后者的意思，但绝不是简单地“唯上”。
就任董事长后不久，华为内部再次遇到“新兵”战斗力不足，“老兵”懈怠的问题。
董事会几位大佬酝酿许久后，建议让孙亚芳重启几年前的“辞职再上岗”模式，此举也得到了任正非的认可。
孙亚芳对此坚决反对，提出早年的竞聘是不得已的做法，现在的华为已经逐步走向成熟，必须通过建立一套能上能下的弹性化机制去解决问题。
最终，任正非采纳了她的建议。
脾气火爆的任正非，经常埋怨许多属下难以领会自己的意图，“笨得像头猪一样”。
可任正非唯独不敢骂孙亚芳，还经常公开引用她的发言，对其观点十分推崇。
孙亚芳撰写的《不要挽狂澜于既倒的英雄》《小胜靠智，大胜在德》《探索以色列崛起之迹》等文章被任正非在重要讲话中多次引用。
2010年，当国内很多人不知晓孙亚芳是谁时，美国的《福布斯》杂志将她与时任美国“第一夫人”米歇尔•奥巴马一同选为最有权势的女性。
这是因为一方面，华为几乎所有对外重要接待都由孙亚芳出面，她举止优雅，英语流利，给人留下深刻印象。
另一方面，孙亚芳就任董事长后，亲手打造了华为的研发科技团队，从世界各国广泛招揽专业人才，并提出5G研发目标，才让华为成为今天世界级的研发与创新型企业。
