西乡和他的萨摩军人，虽然是明治维新中不可忽视的重要力量，立下了莫大的功绩，然而一直为明治政府所忌惮。在明治六年（1873）政变后，西乡等人纷纷弃官下野，更有大量出身萨摩的近卫兵返乡。在回到萨摩后，西乡在鹿儿岛设立三所被称为私学校的军校，聘请西洋讲师向乡士们提供汉文和军事教育，还资助优秀学生前往欧美游学，试图建立一支能够远征外国的强大军队。政治上，私学校党在鹿儿岛县知事大山纲良的帮助下，几乎掌握了县政，烧毁了熊本镇台在鹿儿岛的军营，拒绝服从明治政府，为明治政府所忌惮。在明治政府眼里，私学校的设置目的，便是为武装叛乱而培养士族，为此在内务卿大久保利通和内阁顾问木户孝允等长洲藩出身者的主导下，明治政府开始为解除萨摩藩的威胁而行动，一方面派遣警视厅大警视川路利良等24名警察官潜入私学校，另一方面试图将鹿儿岛县内陆军省炮兵属厂和矶造船所的武器和弹药偷运至大阪，还尝试刺杀西乡隆盛。政府不断的挑衅行为，激怒了本就不满的萨摩士族。虽然西乡和私学校中铳队学校校长筱原国干和炮队学校校长村田新八极力压制，但是以桐野利秋为首的激进派仍然于1月29日袭击了陆军工厂，夺取了剩余的军械，至此，萨摩和政府已走向彻底地对立。2月6日，私学校党干部在西乡家中举行集会，在西乡的决议下掀起了士族叛乱的顶点，日本最后一场内战——西南战争。
鹿儿岛暴徒出阵图，官军也知道他们面对的是强悍的近代军队，而不是所谓古老的武士
决定起兵后，西乡在私学校正门挂上“薩摩本営”，登记军人名册，召开作战会议，讨论并采用了“派遣部队压制熊本城内的镇台军，主力部队从陆路进攻”的策略，西乡提到“川村（纯义，海军大辅，西乡之友）十有四五会助我一臂之力，此一人归附，则全海军将为我所用；熊本有桦山资纪（镇台参谋长，原为桐野利秋下属，后为第一任台湾总督），如我军能进入熊本境内，则一、二大队的镇台大概会归入我麾下。”此两人在对清国的作战事宜上可谓是当之无愧的西乡派，川村更在西乡罢官后向太政大臣进言，请求天皇邀请西乡回军中担任海陆军元帅，因此鹿儿岛知事大山纲良还自信地说到“在熊本有五组料理等着享用。在马关大概会有川村等人迎接我们的汽船吧。我们或许能够饶有兴致地一路赏花而来。”然而，川村和桦山二人并未如西乡的判断，归顺萨摩军。2月9日，川村前来和西乡会面，在得知萨摩军已准备起兵后，拒绝了西乡的邀请，还向长崎发去电报，警告萨摩军的动向。
法国人所绘之萨摩军，被不少营销号当作“近代军队虐杀古老武士”的证据
2月13日，萨摩军完成编成，其中有五个大队约1万人，第六、七两个独立大队合计1600人，还有熊本队、协同队、人吉队、竹田报国队等，全军总计约3万人。武装上，萨摩有着大量从英荷等国进口的枪炮和生产设备，但是在被政府运走弹药之后，先进的步枪缺少弹药，只能使用旧式的前装恩菲尔德步枪。2月14日，在情人节当天，萨摩军在私学校练兵场举行阅兵，次日便向熊本进发，拉开了西南战争的序幕。
西南战争政府军方面，在得到川村海军大辅的情报后，于2月19日，下达征讨萨贼诏书，集结军队向西南出兵。政府军以有栖川宮熾仁親王为征讨总督，山县有朋和川村纯义为参军（副司令官，实际指挥者），将近卫兵、镇台和屯田兵乃至临时征募的士族警察官编成10个旅团，其中别动第3旅团和新选旅团完全由旧士族组成。此外还有约3000人的警视队。海军方面则由伊东祐磨为舰队指挥官。西南战争打响后，萨摩军迅速控制了山鹿、田原坂、吉次峠、木留村等易守难攻之地，同时围困住熊本城，不幸的是，熊本城内发生了原因不明的火灾，将天守内一个月份的军粮和薪炭燃烧殆尽，除了紧急抢运出来的弹药外什么都没剩下，火灾还蔓延到城外，将东侧东南侧的城下町也烧毁。熊本守军不得不忍饥挨饿，一天仅有两顿小米饭一顿粥的供给。然而，出乎所有人的意料，熊本的守军，乃至政府军中所有的征募兵，在西南战争中展现出了他们的勇气和战技，虽然在白刃战上，征募兵远逊于萨摩军和拔刀队的士族，但是在枪炮使用上，经过充分训练的征募兵也能发挥出极大的威力。而一直对征募兵士气问题的质疑，也随着熊本镇台守城胜利及反攻而消除。最终，随着城山的沦陷、西乡等人的自戕，征募兵终于得到了认可。然而，西南战争的大胜下，陆军中还隐藏着一个重要的问题。
