1421 年，永乐帝朱棣迁都北京，在南京留下了一套朝廷机构，甚至连专门为皇帝服务的内官二十四衙门也保留了下来。按道理说，太监专为皇室服务，现在南京都没皇室了，这些太监还有什么用处？所以，南京二十四衙门同南京六部一样，长期被人们认为是不得志太监的养老地。但实际并非如此，南京地位在有明一代一直在诸省之上，南京内官二十四衙门并非简单的养老地，明朝后来在南京增设了内守备一职。内守备管理南京皇城，统管南京二十四衙门和南京军队，在没有皇帝的南京紫禁城，内守备俨然土皇帝。
南京内守备，也叫南京守备太监、南京守备内官，起初有正、副太监各一员，后来人数稍增，员数不定。正太监握有 " 守备关防 " 大印一枚。内守备职责是：（1）护卫留都，" 为天子三千里外亲臣 "。（2）管辖南京皇城、二十四衙门、明孝陵。（3）向北京天子进贡南京特产。
一般认为南京内守备出现于明仁宗时期。明仁宗曾想迁都回南京，所以临时任命太监王贵通率军南下镇守南京，准备回銮之事。仁宗给王贵通的权限极大，到南京后，对宫内之事，南京太监需和王贵通商议；对宫外之事，南京官僚也需要和王贵通商议。任何决议只有在王贵通点头才能实行。到了宣宗时期，宣宗又将内守备的名号赐给郑和，让郑和与守备南京的武将同掌兵权，这是南京内守备掌兵权的开始。
不要以为南京在明朝只是个留都，没有任何权力，但实际上南京地位极重。东南钱粮税收是明朝赋税的主要收入，南方几省的钱粮都要先交付南京再转运北京，可以说南京控制了明朝的财政命脉。没有皇帝的南京，真正的主人并非南京诸位官僚，而是南京内守备！他们主要通过以下三种手段把持南京：
掌握军权。军权是一切权力的支撑。明朝迁都后，南京还留有十七卫天子亲军，包括南京锦衣卫和被传的神乎其神的孝陵卫。其中锦衣卫负责特务工作，孝陵卫负责守护皇陵，江淮卫、济川卫为巡守河道的水军。其余十三卫共 6179 人，分两班防御南京诸城门，这些卫军由南京中军都督府管辖。但南京内守备的职责之一是守备留都，同南京武将勋臣一起掌握南京军权，又因皇帝担心武将勋臣势力坐大，割据地方，所以十七卫实际由南京内守备掌握，武将勋臣出身的中军都督仅挂名而已。凭借掌握南京军权，南京内守备在南京很有发言权。
挂靠南京司礼监。南京内官二十四衙门同北京二十四衙门完全一样，都是十二监、四司、八局。每衙门正官一人，正四品，称太监；副官有二人，从四品，称左、右少监。单纯从官职来看，内官二十四衙门各有职责，互不隶属，司礼监太监和其他二十三衙门也不是上下级关系，而是平级，他们的上司只有皇帝。但实际上，其他二十三衙门都顺从司礼监。这并非制度上的安排，而是因为司礼监太监掌握批红权，能分皇权，从而使得自己权威大涨。
正常来说，南京没有皇帝，南京司礼监在南京二十四衙门中的地位必然赶不上北京司礼监。可因为内守备的设立，南京司礼监太监依然是南京二十四衙门的顶点。内守备本是内官的派出机构，是一种临时权限，本身无品级，所以凡为南京内守备必挂南京司礼监太监的衔，以便从法理上维持内守备的权力。因此可以说，南京司礼监的权威依靠内守备的实权得以提高，而内守备又依靠司礼监的职称获取法理。所以南京内守备凌驾二十四衙门之上，总揽全局，俨然南京土皇帝。
财权。因为南京没皇帝，所以南京二十四衙门的两项重要任务就是负责维护南京宫殿和向北京进贡特产。
明朝维护皇庭的工匠分职业工匠（坐住匠）、临时工（卫所军）、助手（平民徭役）三种，这些人统称为内府匠役。按照洪武旧制，这些匠役上工可免赋税，其中平民徭役还要政府发薪水。南京太监就采取虚报工匠数量和夸大南京房屋维修难度的办法，如此一来，他们一方面可以吃空饷，一方面可以偷税漏税，一方面还能拿到北京下发的维修银。到了嘉靖时期，这些为皇家服务的工匠又被偷转成为太监服务的私人工匠。当时的南京兵科给事中就向嘉靖报告说 " 太监占役成风 "，南京户部也上奏 " 南京内府各监局军匠之虚实，马牛之多寡，钱粮靡费，支销漫无稽考 "。可见太监贪污到了何种程度。
另外，南京太监还负责采买土特产向北京进贡，但采买本身就有极大的操作空间，而南京进贡的数量又特别巨大，丝绸、茶叶、地方土产等皆以船计。在采买过程中，这些太监不仅多方需索，同时还吃回扣，所以人称 " 最为民害者，率由中官 "。
