(1)软下疳：初期为丘疹、脓疱，继而多发溃疡，基底柔软，颗粒状肉芽组织，灰黄色脓性分泌物，边缘整齐糜烂，周围有炎性潮红，剧痛，腹股沟处有痛性横疥，破溃后呈鱼嘴状。对器官有破坏作用。
(2)梅毒性下疳：潜伏期3～4周。它是一个单一的无痛性硬结，可以形成一个分泌物很少的溃疡。暗视野涂片可见梅毒螺旋体。数周内不经治疗可自行消退，1-2个月后梅毒血清阳性。
(3)尖锐湿疣：腹股沟肛周肉芽肿常被误诊为晚期尖锐湿疣，组织印片发现Dunovan小体即可确诊。
(4)皮肤结核：瘰疬性皮肤结核可出现瘘管、溃疡。瘘管固定在下面的淋巴结上，淋巴结摸起来像凹凸不平的肿块。腹股沟疣状皮肤结核易与腹股沟肥厚性肉芽肿混淆，后者少见。组织病理活检可鉴别。
(5)皮肤阿米巴病：溃疡边缘隐匿，肉芽增生不明显，可见变形虫，无杜诺万小体。
（6）丝虫病：丝虫病晚期可出现外阴象皮病，但无外阴溃疡病史。发病初期有发热、阴囊肿胀。夜间采集的外周血中可发现微丝蚴。
此外，有时还需与深部真菌病、嗜酸性肉芽肿、化脓性汗腺炎、坏疽性脓皮病、Queyrat增生性红斑等相鉴别。
