性交疼痛的器质性原因
确定性交痛的原因是精神性的，首先要找到局部的器质性因素，排除。由于器质性疾患需要特殊的治疗措施，最好排除在性交痛综合征之外。相对而言，器质性因素所占比例较小，常见的器质性问题包括：生殖道异常，如阴道下段（阴道纵隔等）的各种解剖变异、处女膜肥大或闭锁、阴道口先天性狭窄、睾丸女性化，或特纳综合征的小阴道，但子宫异常很少引起性交困难。
会阴部皮肤和生殖器软组织的剧烈撕裂、擦伤、脱皮；由于盆底修复或子宫脱垂手术不熟练，会阴切开未愈合而引起的尖锐插入痛，处女膜疤痕或伞状裂伤或水肿引起的疤痕或挛缩，使插入困难，抽动时加重；尿道肉阜、尿道膨出、膀胱突出等会因过度抽动而加重插入时的烧灼感；阴蒂包茎、阴蒂神经炎、阴蒂皮炎等偶可引起外部灼痛；前庭大腺囊肿可引起阴道外部疼痛或穿透时疼痛；外阴白斑常伴有外阴萎缩，是引起阴道外痛的原因之一；疝气也常引起发作性疼痛。
阴唇或阴道脓肿可引起局部锐痛和烧灼痛，宫颈炎很少引起性交痛，但多见于口服避孕药者；墙痛；子宫肌炎引起的深部抽搐痛很少见；滴虫、淋病或念珠菌等阴道感染多见，盆腔炎可引起抽搐引起的下腹痛；感染性或化学性外阴炎可引起生殖器外表面灼痛；尖锐湿疣、生殖器疱疹等可引起会阴部或插入时灼痛，常可追溯到不洁性交史；肠炎、严重的痔疮、直肠阴道瘘等。这两种疾病均可引起局部或弥漫性疼痛。
白塞氏综合征，又称眼科和口腔安全性生殖器综合征，其临床症状各不相同，多见单独或并发阴唇或阴道溃疡，常伴有口腔外伤、眼部炎症，罕见关节痛或多发性关节炎。
产后使用某些化学物质试图使阴道恢复产前张力而造成的疤痕或其他损伤。
阴道或直肠肿瘤。
因静脉曲张、撕裂、子宫内膜异位症而损伤阔韧带，常引起阴道深部疼痛，常在性交后持续数小时。子宫内膜异位症引起的患者临床症状差异很大，有时数年未确诊。疼痛的特点是最严重的经前期。分娩是一种常见的并发症。
值得注意的是，膀胱炎、盆腔炎、阴道炎等疾病往往会有一定的波动，性痛也会因为炎症的间歇性波动而变化无穷。此外，症状持续的时间越长，就越有可能给双方带来各种其他的性问题，比如丈夫早泄甚至阳痿，给治疗带来更多困难，严重影响治疗效果。当女性抱怨阴茎深部穿透时出现中线疼痛，医生通常将其视为器质性疾病的征兆。如果双侧疼痛伴中线不适，且未发现明显的器质性问题，则可能是盆腔充血综合征或盆腔交感神经综合征。腹腔镜检查通常可以显示盆腔静脉扩张。近年来，阔韧带血管造影获得输卵管结扎后静脉曲张的证据表明扩张的盆腔血管组织对性痛有一定影响。当伴有性功能障碍时，该综合征常有明显的心理因素，因此应强调详细了解弥漫性深部性交痛病史的重要性。
