措钦大殿经堂和前廊是以藏式平顶修建，寺顶横木飞檐，覆盖有蓝色琉璃瓦。主殿系木质结构，屋顶歇山式，房檐以下全是斗栱承托。经堂面宽31米，进深26.4米，有方柱56根，面积818平方米，殿中以12根大柱支撑天窗。壁画以释迦牟尼传记为主，内容有乘白象从兜率宫下凡、入胎摩耶夫人、七步生莲、出家修道、初转轮、娑罗树下涅槃等，极为精美。
经堂后部有三座佛殿，释迦牟尼佛殿居中，主供释迦牟尼佛鎏金铜像；左为强巴佛殿，供奉强巴佛泥塑像；右为喇嘛拉康，内供历代噶玛巴活佛像：正中主供噶玛噶举派创始人噶玛巴·都松钦巴的合金塑像，其两侧供奉二世噶玛拔希、三世让琼多杰、四世若必多杰、五世德银协巴、六世通哇敦丹、七世却扎嘉措、八世活佛弥觉多杰、九世活佛旺秋多杰、十世却央多杰、十一世益西多杰、十二世绛曲多杰、十三世堆都多杰、十四世台乔多杰、十五世喀觉多杰的鎏金铜像。四周壁画为塔布噶举祖师塔布拉杰和噶玛噶举黑、红帽系活佛画像。
寺内建有灵塔殿三座，结构和形制基本相同，第一座灵塔殿有灵塔三座，主供噶玛巴•都松钦巴和司徒仁钦活佛、克巴旺结多杰活佛，塔身饰以白色，高约10米；第二座灵塔殿有灵塔一座，内供噶玛巴•拔希活佛；第三座灵塔殿有灵塔一座，内供结色班登活佛，建造精致庄严。
寺庙外面的右上角有三座高大的泥石结构佛塔，中间是噶玛·都松钦巴的舍利塔，右边是八邦司徒卓格日钦的“察察”塔，左边是都松钦巴的得意门生克巴旺格多杰的灵塔。塔的旁边还有一座灵塔殿，俗称无柱殿，殿内供有噶玛巴希的佛牙，墙面上方画有历代噶玛活佛的像，下方画有八邦寺历代司徒活佛的像，其中司徒画像中有汉族使臣到过噶玛寺的历史画面。
噶玛丹萨寺现藏有大量唐卡和佛像，在大殿之外还有相传为噶玛拔希从内地带来的柳树，至今根深叶茂。1998年10月护法神殿发生火灾，西藏投资70万元进行了修复。除此之外，其余古建筑保存较好。
噶玛丹萨寺是藏传佛教历史上开创活佛转世系统的第一寺，对藏传佛教采用活佛转世来确定宗教首领产生了深远的影响。
噶玛丹萨寺在促进西藏归附元朝的历史进程中，积极参与了康区一带归附元朝的历史进程，为祖国的统一事业做出过积极贡献，是继萨迦派后最早与元朝建立密切关系的教派。并通过噶玛丹萨寺活佛与内地频繁的政治交往和传教活动，促进了西藏与内地的文化交流。
注释
