而且三佛齐不仅将本国所产香料输至中土，还利用地理之便，收揽其他国家的香料与中土进行贸易。《金颜香》记载: “金颜香正出真腊，大食次之。所谓三佛齐有此香者，特自大食贩运至三佛齐，而商人又自三佛齐转贩入中国耳。”
除了三佛齐外，爪哇岛上的阇婆也是当时东南亚的强盛国家，出产的香料有檀香、茴香、丁香、降真香等。北宋年间，有建溪“主舶大商”毛旭多次到阇婆贸易，同时阇婆国王还派遣使团前来宋廷朝贡。可见两宋时期的香料贸易，已经形成了中印商人都参与其中的双向贸易。
宋朝的“海上丝绸之路”呈极盛之状，元朝时期保留了市舶司的设置，也积极开展海外贸易，因此延续了宋朝时期繁荣的香料贸易景象。也就在这时，爪哇岛又兴起了一个满者伯夷王朝。
国王克塔纳伽拉派舰队远征苏门答腊岛，同时将三佛齐的属国都收入囊中，统治了今天印尼群岛的大部分地区。当忽必烈建立元朝后，面对不臣服自己的缅甸、安南和占城，都派遣过大军去征讨使其称臣。在在征讨日本不成后，忽必烈又把目光对准了印尼群岛。
元朝时，泉州已成为了世界第一大港，贸易船队往返中土和印度洋沿岸地区十分频繁，而克塔纳伽拉的统治范已经涵盖了马六甲海峡等南洋重要的贸易节点，收过路费收到手软，阻挡着数条贸易航线。
至元二十六年（公元1289年），元朝向满者伯夷提出臣服和朝贡的要求，然而克塔纳伽拉以南洋之王自居，还刺伤元使臣孟琪的面部表示拒绝，忽必烈以此为借口发动了元爪战争，时历一年，因为路途遥远与国力下降的原因，元军先胜后败，最终退出了爪哇。
如此一来，两国的关系自然处于停滞状态，不过为期不长，仅十几年后两国又恢复了海外贸易。而且著名旅行家汪大渊在元至顺到至正（公元1330—1339）年间，“尝两附舶东西洋”，航行到过印尼，回国后撰写《岛夷志略》记载“其目所及”。
“爪哇宫室壮丽，地广人稠，实甲东洋诸番；其田膏沃，地平衍，谷米富饶，倍于他国；民不为盗，道不拾遗......”
“三佛齐人多姓蒲，好战雄强；习水陆战，官兵服药，刀兵不能伤，以此雄诸国；其地人烟稠密，田土沃美。气候暖，春夏常雨......”
汪大渊记载了印尼以所到之处地理位置、气候、农作、风俗、服饰、饮食、物产、贸易之货为次序，部分地区还记载了其名称来历和传说等。
公元1368年，太祖朱元璋建立明朝并推行了海禁政策，限制了民间贸易的往来，将中原的对外贸易局限于朝贡贸易体系中。朱元璋还亲自给爪哇国王的信中更坦率地说：“虽云修贡，实则慕利。”
据《明史·外国传》的记载，明代印尼各古国前来中原通好，并赠贡品的使节多达50余国次，其中尤以爪哇为突出。
朝贡贸易成为明廷持续对外贸易的唯一途径，在明代初期呈现出一片繁盛景象。但“厚往薄来”的优待政策很快让明朝政府不堪重负，以至于时常出台政策限制各国朝贡的次数，导致市舶司也时置时废。
时间来到永乐三年（公元1405年），郑和下西洋让原本走下坡路的海上丝绸之路，又一次回光返照重新走回到鼎盛时期。这一时期，中原与爪哇之间的航线是一条从占城新州港（今越南中南部归仁港）出发直航的航线。
在郑和下西洋期间，大明军队制服了一个叫陈祖义的海盗头子，此人时常骚扰印尼当地人与各国船只。因此郑和带领的大明军民，在印尼群岛的威望迅速提高，收到当地人的爱戴。
