神经内科的发展也是如此，2016年被授予国家级卒中筛查与防治高级基地，2019年8月19日，成为国家脑死亡评定质控合格医院。同年，获批神经内科住院医师规范化培训基地。
成立不到5年，清华长庚医院神经内科进入2018年复旦大学医院管理研究所发布的华北地区专科声誉排行榜前十名，武剑对此感到很意外，“因为华北地区有非常多优秀的医院，进入前十很不容易。”
分析背后的原因，武剑首先归功于团队，“我们团队特别重视学科建设，把全身心的精力都投入进去，我们很投入，我们很努力，我们很苦干；其次，学校医院给了我们很多的资源和空间，让我们去发展。除了个别体液检查没有，几乎所有的检查都可以在我们医院完成。我们的大型硬件设备齐全，并且购置的都是最先进的；第三，得益于医院精细的管理，无论是学科建设、科学发展、还有经营管理，它都有一套独特的机制。”
清华长庚医院借鉴台湾长庚纪念医院管理模式，构建现代医院管理体制和运营模式，实行专业化医疗团队与职业化行政团队分工协同治理。比如，每个科室都配有行政助理、经管助理、科研助理，帮助医生分担很多事务，让医生可以全身心的去投入需要的事情。
在薪酬绩效管理领域，清华长庚医院借鉴长庚的模式，引进了PF医师费制度。PF医师费制度体现了医生的劳务价值，把医师亲自参与操作的医疗服务项目，包括门诊、住院、手术、麻醉、侵袭性操作检查、临床检查报告判读等纳入绩效。
“另外看他对科室的贡献，看的病人多、管理多、科研多，医生的赋值都会更高，甚至医生参与一些公共事业，也会加分，最后再计算收入。科室主任有权利为医生打分，但整体上的绩效收入由医院计算。”武剑说，“所以我们的大夫也愿意看病，病房老是满的，临床也就发展得很快。”
武剑（左二）查房
在科研创新方面，正如武剑料想的，这是一个医工结合、智慧医疗的时代。依托清华大学强大的理工背景，武剑团队连续5年拿了7个100万以上纵向课题基金，“因为有这些项目支撑，我们在学科建设上面跑得特别快。”
武剑团队和清华大学生物医学工程系合作，研发新型的神经影像成像技术，不仅能够看清结构，还可以看见血流的情况，计算到底有多少血液流进大脑；和计算机系开发了适用于普通人群的脑血管病高危风险人群智慧筛查小程序；和电子系合作研发出反映情绪和认知功能的图像认知心理系统；和机械系合作研发介入导管的导航系统……
去年武剑团队和材料系合作，在干细胞治疗脑卒中领域寻求突破。项目已经进入动物实验阶段，武剑表示，我国每年新发脑卒中患者200余万人，大部分脑卒中患者因残疾不能独立生活。如果干细胞能够把脑卒中致残的患者治愈的话，会为患者和社会带来极大的好处。
建立京北脑卒中防治网络
脑卒中具有发病率高、复发率高、致残率高的特点。《中国卒中报告2019》指出，卒中已成为造成过早死亡和疾病负担的首位原因，每5位死亡者中至少有1人死于脑卒中。我国带病生存的脑卒中患者已高达1300万。
2010年，武剑加入国家卫计委脑卒中防治工程委员会，参与了卒中中心防控体系设计、卒中中心标准制定、指南制定以及一系列卒中中心考评等工作，获得国家脑卒中防治工程“突出贡献奖”“突出贡献专家奖”“杰出担当奖”。
在武剑的带领下，清华长庚医院积极推进脑卒中救治绿色通道，急性缺血性卒中DTN时间可缩短至38分钟，远低于全国平均时间83分钟。神经内科还建立全国第一家高危卒中单元病房，卒中单元病房为十万级洁净度的环境，极大减少了脑卒中急性期严重并发症。
