殖民统治者的统治手段不外乎分而治之和寻找统治者的代理人，他们就挑选了更为精明和勤快的华人和上层原住民做代理人。
具体做法，就是将华人和原住民居住分开。华人住在条件更好的地方，连坐船坐车都不和原住民坐在一起，有意树立华人的优越感，同时将最赚钱的酒庄、鸦片馆、当铺、和贩盐等行当也一并交给当地华人经营。
如此一来，原住民和华人之间的矛盾越来越深，仇恨的种子就此种下。
作为殖民地，经济被掠夺，普通百姓被压榨是再正常不过的事情，可荷兰人却混淆视听，把各种矛盾转移到华人和当地原住民之间，让华人背负操持经济的恶名，坐享渔人之利。而印尼的华裔也从此背上了黑锅，品尝到殖民者埋下的恶果。
在这时期，爪哇在当地一些有识之士的建议下，将“印度尼西亚”代替爪哇作为自己的国名，使用至今。
遗憾的是，一些华人在当时对原住民也有种种歧视，而在政治上的诉求又不主动，给自己后来遭受迫害埋下了祸根。
历史细部
二战时期，日本入侵印尼，殖民手段和荷兰人如出一辙，还是靠挑拨原住民和华人之间的关系来维持自己的统治。
1945年，日本投降后，荷兰人再次卷土重来，却被苏加诺领导的印尼独立派别赶走。同年8月17日，印尼宣布独立，成立了印度尼西亚共和国，苏加诺也被称为“印尼国父。
苏加诺和黛薇夫人
印尼独立是独立了，可当年殖民者和帝国主义者所宣扬的“华人是印尼经济的‘吸血鬼’，各种资源都被华人把控，所有社会不公都是因为华人造成的”等荒谬言论一直萦绕在每个印尼原住民的心中，使得印尼华裔屡屡成为印尼各大势力派别争斗的出气筒和替罪羊。
应该说，自印尼成立后到上世纪五十年代中期，华人基本还属于安居乐业的阶段，过了十多年的太平时光。
那时，印尼的华人在政治上自动分为了红蓝两个派别，红派支持新中国，蓝派支持当时蒋介石主政的中国台湾，当地戏谑为“红屁股”和“蓝屁股”。
这两派各自有自己的社团、学校、报社和各种华侨会，彼此吵得不亦乐乎，但是基本都是打“口水战”，骂完后该干嘛干嘛。
印尼也在1950年和新中国建交，关系也十分亲密。
1955年4月，周恩来总理出席的亚非会议就是在印尼的万隆所举行。1956年9月，印尼总统苏加诺访问北京。
万隆会议
因为受到这样政治形势的影响，印尼的红派很受鼓舞，举行了大量的集会和宣传，还掀起了印尼华人的回国热潮，许多华侨放弃了富裕的生活，主动要求回到祖国参加建设。
