1958年，眼看印尼和新中国越走越近，美国人坐不住了，安排了印尼反对派势力准备推翻当时的苏加诺总统，而嗅到气味的台湾当局也积极配合提供后勤物资。
收到情报的印尼政府很快镇压了这次反叛，也从中找到了许多台湾方面提供资助的证据，并由此对亲国民党的华侨势力进行了大规模整肃。国民党华侨的代表人物被抓，学校被封，涉及资产被没收，整个蓝派在印尼的势力受到毁灭性的打击。
可没等红派的印尼华侨感到高兴，印尼又大举打压红派华侨，印尼掀起强烈的反华排华活动，一发不可收拾。
很多人可能不解，苏加诺不是亲华的么，又是访问中国，又是出席中印之间的会议，为何要对印尼的华人下狠手呢？
话虽然不错，可苏加诺是地地道道的民族主义者，他的建国五项原则中，民族主义被列为首位。早在苏加诺从事独立斗争时期，他就认为华人经济是“殖民时代的残余”，必须予以限制和铲除。因此，他当政后陆续出台了限制华人经济的30多种的政策，全部以针对华人商界为主。
1959年，苏加诺为了打击富裕华侨，故意将印尼原先面值500盾和1000盾的纸币，分别贬值为50盾和100盾，俗称“剪纸币”政策，令许多富裕的华人家庭几十年的积蓄化为泡影。更严厉的还在后面，印尼政府宣布只要在银行存款超过2.5万盾，就冻结90％的存款，这几乎让善于积蓄和勤俭著称的华人家庭遭受灭顶之灾。
随后，印尼颁布《总统第10号令》，禁止县以下的外侨从事商业零售，彻底堵死了华人经商的道路，十多万毫无出路的华侨被祖国派船接回国内安置。
1965年“印尼9·30事件”后，苏加诺的总统权力逐步被军人集团代表的苏哈托夺取，印尼走向了“苏哈托时代”，开启长达30多年的铁腕统治。
所谓“9·30事件”，是指1965年9月30日，时任陆军中校的翁东与部分印尼共产党同谋者绑架杀害了六名高级军官企图夺权。而以苏哈托为首的军人集团反击并挫败政变，趁机架空总统苏加诺，最后自己当上了印尼总统。
苏哈托
事后，印尼军方宣传所谓“9·30事件”背后是中国在背后搞鬼，可美国后来公开驻雅加达大使馆从1964至1968年的3万多页解密文件显示，所谓中国幕后操纵“9·30”运动一说，全是印尼军方自导自演。
虽然为了摆脱经济困境，上台后的苏哈托采取了不少看似放松华人经商限制的内容。但是在后面的几十年，苏哈托时代却成为那时印尼华人的噩梦。
苏哈托以借口清缴印共的同时，不仅禁止华裔参政参军、关闭华文学校、限制华裔进大学、严禁使用华文；华裔要放弃华文姓名，用印尼文改名换姓，甚至有计划地对印尼的华人进行屠杀和灭绝。有资料显示，苏哈托执政时期，有近50万的印尼华裔不明不白丧生。
死结？
印尼目前有2.7亿人口，华人大概是2000万人，人数不多，但是在印尼属于富裕阶层，印尼的首富就是资产达154亿美元的黄惠祥和黄惠忠家族。
