这一切在1959年3月结束。是年，西藏地方政府发动叛乱，桑顶寺正处在动乱的中心地带。叛乱者接二连三闯入寺庙，要求桑顶寺提供枪支、粮食。活佛和几个近侍避出桑顶寺，藏在羊卓雍措的湖心岛上，却仍被叛乱者找到，在枪口的“护送”下，女活佛被迫远走他乡，修行之路就此中断。活佛先被挟持到不丹，再由不丹转道印度。1959年8月，国庆大典前夕，在中国驻噶伦堡商务代理处的帮助下，十二世多吉帕姆活佛辗转至巴基斯坦，又绕道阿富汗、俄罗斯、蒙古，最终于9月底回到北京，结束了六个多月在海外颠沛流离的日子。
十二世多吉帕姆活佛在画像中所戴佛冠已遗失于动乱之中，该佛冠由意希措杰的头发编织而成。
归国后，十二世多吉帕姆活佛接受政府安排在拉萨居住，由入寺修行转为在家修行。1966年，“文革”浩劫降临，桑顶寺被夷为平地，活佛的修行活动也被迫中止，一隔十余年。上世纪80年代，桑顶寺复建，女活佛也恢复了在桑顶寺中一年一度举行的“岗甲萨”大法会。但她仍选择留在拉萨，在家修行。每年的“岗甲萨”大法会，是她唯一与信众接触的机会。离开桑顶寺后，德钦曲珍建立了自己的家庭，重新拥有了世俗生活。在多吉帕姆活佛的转世系统中，这本无先例，但在共同经历了50年风云变幻的西藏信众看来，女活佛的选择已为他们所接受。
桑顶寺供奉的多吉帕姆神像。
十二世多吉帕姆活佛现在已很少对人提及修行之事，也不再讲经。她说，经历了太多休滞及阻隔，她这一世，在佛法上不会有什么建树了。她选择以重建桑顶寺，来完成自己作为护法神职责的践行。昔日的桑顶寺，依傍羊卓雍措之畔，是一座红宫与白宫相见的九层古寺，取“九级浮屠”之意，为藏传佛教寺院最高形制。史料记载，桑顶寺经由二世、五世、九世多吉帕姆三次扩建，盛极时拥有大经堂、顿都格桑绛曲神殿、弥勒佛殿、三界殊胜殿等15座殿堂，僧人数百，寺中佛塔、塑像、法器、唐卡等陈列众多，不胜枚举。
面目凶恶狰狞的法神喇嘛在桑顶寺大殿内跳起降神法舞，十二世多吉帕姆活佛通过诵经与护法神相互感应。
彼时的富丽庄严如今只能依靠想象描画。1983年，十二世多吉帕姆活佛向十世班禅额尔德尼、西藏自治区及中央有关部门提出了修复桑顶寺的请求，获得批准，重建之路就此展开。除却政府资助的21万元，重建一座寺院、召回僧侣，还需要调动更大量的资金及人力投入。德钦曲珍并不是擅长此道之人。她个性腼腆，并不热衷于交际和经营，相对于法相庄严，她更多流露出母性的温柔淳朴。重建工作在女活佛弟子们的资助下缓慢而平静地进行，这些因佛法而结识的弟子大多是长三角及沿海一带的企业家。活佛身在拉萨之外的时候并不多，她姐姐的儿子时常代为奔波于拉萨、广东两地之间，联络修建事宜。
主持降神仪式的的主咒师身着带有猪形特征的服装，象征他们所拥有的多吉帕姆护法神的力量。
桑顶寺建起了七层，多吉帕姆活佛认为，可以就此而止了。这也是效法拉萨的著名古寺帕邦卡——它最初由松赞干布主持建造，吞米桑布扎就是在此创制藏文并留下了由其亲书的六字真言。文革中，帕邦卡与桑顶寺同样毁于一旦。复建后，同样由九层降至七层。取“七级浮屠”之标准，二来暗示这里曾遭法难。桑顶寺的重建尚未完成。寺院至今没有围墙，山脚下的“林卡”，即花园，也尚未恢复。而十二世多吉帕姆活佛最大的愿望便是能为桑顶寺添加上自来水系统。僧人和百姓们每每从山脚下，向海拔4600米的山上寺中背水，实在太过辛苦。
