这种假设性的场景导致人们提出所谓的“灰色末日”理论。这将是一个灾难性的场景，可以自我复制的纳米机器人在失去控制后逐渐消耗完地球上所有的生物物质，并将每一种活的生物体都转变成了一堆灰色的糨糊。《瘟疫年》这本小说就描写了失控的纳米技术通过传染的方式吞噬了居住在10000英尺高空以下的所有温血生物。这迫使剩下的人类逃往了更高的楼层，并在那里挣扎求存。
当然，这是最为悲观的担忧，而还有一种中间立场提供了避免“灰色末日”出现的可能。一方面，只要人类遵守某种安全协议，就可以继续开发纳米机器人技术；另一方面，如果我们忽视这些预防措施，它就很有可能变成真正的危险。
而对于如何让纳米机器人以受控、 安全的方式进行自我复制中，一个关键的看法是，一个物体（无论是生物体还是机器人）的自我复制能力总是与其所处的环境密切相关。即使是一套铁匠的工具，也可以在适当的环境下打造出一套一模一样的新工具，这也可以被描述为自我复制。自我复制永远需要原材料和能量的供应。因此，如果我们构建的自我复制机器中，包含某些自然环境中不具备的材料，就可以避免纳米机器人的复制失控。
当前，通过在最微观的层次上掌控物质世界的组成模块，我们正在重塑我们周围的一切。事实是，未来的某一天我们或许会变得非常依赖这种技术，因为人类的扩张欲望将会继续推动人们向内沉入这个由亚原子主导的领域，同时更进一步地向外深入未知的宇宙。而当人们在这两个方向上走得越远时，或许也将会越清醒地认识到人类的渺小和宇宙的浩瀚。
