尽管罗迪克接下来在9月赢得了美国公开赛冠军，一度排名世界第一，但这将是费德勒的时代。接着，他在2004赛季一开始就赢得了澳大利亚公开赛冠军，在排行榜上名列榜首。
在2004年、2006年和2007年，他每年都获得了三个大满贯单打冠军。他唯一的绊脚石是法网，而且随着纳达尔的崛起，接下来似乎很可能还是这样。纳达尔比费德勒年轻近五岁，在罗兰·加洛斯球场的红土地上几乎所向披靡。
纳达尔最终在草地上也击败了费德勒：在2008年的温网决赛（被广泛认为是该运动历史上最伟大的比赛之一）和2009年的澳大利亚公开赛（他在颁奖仪式上安慰了哭泣的费德勒）决赛中战胜了他。
费德勒东山再起，在2009年首次也是唯一一次获得法网冠军，在四周后的温网公开赛中击败罗迪克重获冠军，从而打破了桑普拉斯14个大满贯男单冠军的纪录。
尽管在2009年法网夺冠后，人们开始向他提出关于退役的问题，但他又打了十多年，虽然纳达尔继续崛起，德约科维奇崭露头角，他还是取得了巨大成功。
2016年1月，他在澳大利亚墨尔本为孩子放洗澡水的时候觉得膝盖“咔嚓”响了一下，很快接受了关节镜膝盖手术。他在春季重返赛场，但在温网失利后，他结束了赛季，又用了六个月时间强健膝盖。
他在2017年再度归来，重振雄风。他在五盘决赛中击败纳达尔，赢得了澳大利亚公开赛冠军，随后第八次赢得温网冠军，并且在2018年的澳大利亚公开赛上再度夺冠。
这创造了20个大满贯男单冠军的纪录。
他的击球质量和运动精神无疑打动了全世界的网球球迷。
他说：“我发自内心地感谢你们所有人，感谢全世界所有帮助一个瑞士球童实现梦想的人。”
虽然费德勒明确表示，下周的拉沃尔杯结束后，他的职业网球运动员生涯将宣告结束，但他最后表示，他打算继续在这项运动中发挥作用。
他说：“最后，我要对网球运动说的是，我爱你，绝不会离开你。”
