除了要防范武人割据，对于在京的武装力量，更是要防止其将矛头对准皇帝自己，天子的亲军选拔和设置尤为重要。《明史·兵志一》说得很清楚，天子亲军上十二卫不属于五军都督管辖。
洪武时期的上十二卫定型于洪武十五年(公元1382年)，朱元璋废除了亲军都尉府和仪銮司，正式设置护卫亲军十二卫：锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫。这十二卫是不折不扣的天子亲军，负责护驾左右、护卫宫禁，军士皆是通过精选以后经严格训练而入选的将士，而且多为体制内子弟。
到了永乐年间，发展为二十二卫，宣德年间又增加四卫，合计二十六卫，一直延续到明朝终结。这点和唐朝不一样，唐朝是地方府兵轮番上调京城宿卫的。
亲军各卫中职业不同，分工各异，其中最特殊也最为著名的，非锦衣卫莫属。锦衣卫下属南北镇抚司十四所，最初为皇帝的仪仗队，后来演变成明代特务统治的标签，这也是出自太祖朱元璋的手笔。朱元璋出身贫苦，当皇帝后为驾驭群臣，依然喜欢耍些江湖伎俩，比如派人监视偷听臣子的言行。他发现这招非常好用。跟大臣聊天，昨天你跟谁一起喝酒，都吃了什么菜，回家为啥发火，皇帝像神一样全知道，臣子哪能不战战兢兢?于是明太祖决定将其系统化、制度化，人员从自己身边的侍卫选取。
1382年，朱元璋将负责皇帝安全和仪仗的都尉府和义銮司改组为锦衣卫。除了保留保镖和仪仗队原有的功能外，还增加了一项重要职责——“巡查搜捕”！
与普通办案捕快相比，锦衣卫的强大之处在于，它可以绕过刑部等司法机构，直接逮捕和审查除皇帝之外的任何人。前朝的特务机构大多只负责情报工作，案件的后续处理交由司法机关处理。如果是司法机关办案，一般都会公开审理，依法办事。
而锦衣卫只需要单独向皇上汇报，其他人无权插手。由于没有其他限制，锦衣卫为了招揽功劳，经常不择手段，谎编罪名、扩大涉案范围，制造的冤假错案数不胜数，令全国官员十分厌恶。后来，连朱元璋也意识到锦衣卫太过分了，下令关闭诏狱，捣毁刑具，撤销了锦衣卫。
尽管名声不太好，但若论个人的颜值武功，锦衣卫确实堪比007。作为皇家仪仗队员，他们外表必然雄壮俊美，而作为帝王的私人保镖，他们必须武功高强。仅听锦衣卫这三个字，就如雷贯耳，非同一般。
其实在历史上，锦衣卫也并非都臭名昭著，其中亦不乏忠厚正直之士，干过利国利民之举。如公元1449年土木堡之变中，明英宗亲征蒙古瓦剌兵败被俘，身边只剩一人——锦衣卫袁彬。他不但始终追随护佑，并且力劝皇帝不要投降，还设计铲除了叛徒。在16世纪末的抗倭战争中，为了援助藩属国朝鲜，锦衣卫还远赴朝鲜半岛，探得很多重要情报，为明军打败倭寇立下了汗马功劳。
