莫高窟建于十六国时期。据唐代《李克让重修莫高窟佛碑》一书记载，前秦建元二年(366年)，乐尊和尚经过此山，忽见金光闪耀，如现佛，于是在岩壁上掘开第一窟。此后，法亮禅师等人继续在此筑洞修行，被称为“大漠高穴”，意为“大漠之高”。后人因“莫”、“莫”常见，故改称“莫高窟”。还有一种说法是:佛家说，建佛洞功德无量，不然是不可能也不可能的。莫高窟的意义就是说，没有比建造一个佛教洞穴更高的成就了。
北魏、西魏、北周时期，统治者信奉佛教，石窟建设得到贵族支持，发展迅速。
隋唐时期，随着丝绸之路的繁荣，莫高窟更加繁荣。武则天时代有一千多个洞窟。安史之乱后，敦煌先后被吐蕃和归义军占领，但造像活动并未受到太大影响。到了北宋、西夏、元代，莫高窟逐渐衰落，只重修了以前的洞窟，很少有新的。
元朝以后，敦煌停止开窟，逐渐荒芜。明朝嘉靖七年(1528年)，嘉峪关关闭，敦煌成为边塞游牧之地。清康熙五十七年(1718年)，新疆被平定；雍正元年(1723年)，敦煌设沙洲所；第三年(1725年)改沙洲尾；来自甘肃省的移民定居在敦煌重建沙洲城。乾隆二十五年(1760年)，沙洲尾改为敦煌郡，敦煌经济开始恢复。石窟开始被人们注意到。
光绪二十六年(1900年)，震惊世界的藏经洞被发现。不幸的是，在晚清政府腐败无能和西方列强入侵中国的特定历史背景下，藏经洞舍利发现后不久，英国的斯坦因、法人伯希和、日本的醉鬼立花、俄罗斯的欧登堡等西方探险家相继来到敦煌，以不正当手段从道士王手中骗取大量藏经洞舍利， 导致藏经阁文物被劫掠一空，大部分不幸流散藏于英、法、俄、日等国。
