2021年4月，肖卓被“双开”。通报称，肖卓收受可能影响公正执行公务的礼金、礼品、消费卡，向领导干部及其配偶赠送明显超出正常礼尚往来的礼金；利用职务影响为配偶经商办企业提供帮助，超标准乘坐交通工具，违规报销个人费用等。
收到“双开”决定书后，肖卓2021年5月14日向最高检党组和驻院纪检监察组写了一份申诉状。他在其中对一些内容做了回应。他称，2003年至2017年他每年春节去秦光荣家拜年时都送了拜年红包，但秦光荣的妻子马上按照湖南的习俗回一个红包给肖卓的女儿，而且金额会高一些。
他称，“如果加上我们在秦光荣生日时送的礼金，双方礼尚往来的红包礼金数额大体均在10万元左右。”他还称，作为从湖南到云南的旧部，他确实与秦光荣有比较密切的人情往来，但交往都没有超出正常范畴。
关于超标准乘坐交通工具问题，他称，因为航班座满、公务紧急等原因，他经请示主要领导同意乘坐头等舱，并不违规。
“索贿”还是“借款”？
2021年4月27日，肖卓案由云南省监察委员会调查终结，移送检察机关审查起诉。云南省检察院依法对肖卓逮捕。同年5月6日，经指定管辖，肖卓案交由怒江州检察院审查办理。
同年6月7日、8月21日，怒江州法院延长审查起诉期限两次，同年6月21日退回检察机关补充调查1次。同年9月3日，云南怒江州检察院就肖卓案，向怒江州法院提起公诉。
2021 年 11 月 13 日，本是肖卓在怒江州法院出庭受审的日子。但在开庭前十多分钟，当肖卓的辩护人和亲属代表到达法庭时，他们被告知，由于检方不同意当天开庭，肖卓案延期审理。
2022年1月28 日，怒江州检察院做出《变更起诉决定书》称，因为“发现部分案件事实与起诉书指控的事实不符”，变更了起诉书。变更后，检方去掉了对肖卓一笔100万元的受贿指控。
原《起诉书》称，2010年肖卓得知杨伟源（香港中伟投资有限公司董事长、昆明书湘门地酒楼总厨顾问）与他人合作成立北京富凯房地产开发有限公司后，主动向杨伟源提出入股公司的要求，杨伟源给予肖卓该公司价值100万元的10％的干股。肖卓以其妻子周小娅名义持有并于2010年11月退股变现获利人民币100万元。
知情人称，周小娅曾任华娱卫视副总裁、湖南广电集团北京子公司董事长等。在怒江州检察院提起公诉后，肖卓的辩护律师找到了周小娅的银行付款凭证，证明其持有上述股份是实际出资，而非“干股”。由此，检方撤销了这项指控。
《中国新闻周刊》从这份《变更起诉决定书》中看到，检方指控肖卓犯有受贿罪和滥用职权罪。
在受贿罪的指控中，检方称：2001年至2014年，肖卓利用担任云南省委政法委研究室主任兼云南省政法研究所所长，云南省保山市委常委、政法委书记，云南省检察院副检察长、常务副检察长等职务上的便利，以及本人职权、地位形成的便利条件，为他人生意合作、案件处理、竞拍土地、置换土地等方面提供帮助，非法索取或收受财物共计人民币455.434万元。
检方提到的上述455余万元，共涉及3名商人，分别是林旭钧（香港柏丰集团有限公司董事长）、杨伟源、雷武军（湖南北控景盛建设发展有限公司法定代表人）。
知情人称，林旭钧、杨伟源、雷武军均是秦光荣的朋友。其中，杨伟源在上世纪90年代就认识秦光荣。
检方上述三项指控具体为：
2001年，肖卓接受林旭钧的请托，多次联系时任云南烟草科研研究院院长姚庆艳，意图介绍姚庆艳给林旭钧认识并为林旭钧开展烟草香精香料生意提供帮助。2002年5月，肖卓收受林旭钧为其支付的购房款人民币40.434万元。
2014年，肖卓接受杨伟源的请托，介绍时任广东省检察院副检察长陈武给杨伟源认识，意图为杨伟源之弟杨锡波所涉刑事案件从宽处理提供帮助。2006年，肖卓以入股公司需要资金为由，向杨伟源索要人民币200万元。2008年，肖卓以母亲肖克琼购房需要资金为由，向杨伟源索要人民币10万元。2010年10月、2011年12月，肖卓以本人购房需要资金为由，向杨伟源索要人民币35万元、20万元。以上共计265万元。
2006年至2012年，肖卓接受雷武军的请托，向时任湖南省望城县委书记罗衡宁打招呼，意图为雷武军的公司在低价竞拍土地方面提供帮助；利用担任云南省检察院副检察长的职务便利，为雷武军的公司在置换土地、解决民事纠纷等方面提供帮助。2011年，肖卓收受雷武军为其支付的购房款人民币150万元。
