在多名专家看来，即便化学阉割在国内通过立法，到落地层面，也面临诸多困难。其中较为突出的是化学阉割的成本与监禁成本的平衡问题。
从国外已经公布的一些成本数据来看，实施化学阉割的成本并不低。韩国司法部此前公布的数据显示，在韩国，每年每人维持用药和药物监控的成本约为500万韩元，约合2.6万人民币。泰国最新法案规定，化学阉割的药物单次注射费用约为10万泰铢，约合1.85万元人民币，一年下来需要7.4万元。这笔费用需要犯罪者自己承担。
在美国的爱荷华州、路易斯安那州等，化学阉割同样需要犯罪者自费。皮艺军分析说，考虑到性犯罪者的经济条件，类似的模式，在中国国内推行有着一定难度。泰国尼采国际律师事务所总经理章红媛告诉《中国新闻周刊》，泰国很多性犯罪者属于社会低收入阶层，无力承担昂贵“化学阉割”费用。此外，化学阉割入刑还涉及多项对应的配套细则，比如医生的医学评估怎么开展、性犯罪者本人同意的概率多高、化学阉割的期限确定等。“即便后续被纳入法律，最终可能触及的也是极少数性犯罪者”。
据福克斯电视台今年7月12日报道，蒙大拿州和路易斯安那州的监狱官员2018年透露，过去十年中，每个州只开展了一例化学阉割。加州惩教与康复部发言人艾克·多德森表示，加利福尼亚州很少使用化学阉割。乔治亚州和俄勒冈州甚至废除了化学阉割法或试点计划。而且，在有的国家，由于医生担心对性犯罪者化学阉割后被报复，参与意愿并不高。2016年，印度尼西亚将化学阉割纳入法律，当地的医生协会表示，实施化学阉割将违反其职业道德，并表示其成员不应参加。
2014年，丹麦研究人员丽丝·阿加德在“丹麦性犯罪者的化学阉割”一文中指出，上世纪80年代末以来，丹麦严重的性犯罪者在法院审判基础上接受化学阉割。丹麦的化学阉割包括两部分人群，其中一部分针对有性治疗条件、被判处缓刑的犯罪者，第二部分包括因强奸、乱伦、恋童癖等性犯罪被判处五年以下有期徒刑的性侵犯者。前者，性犯罪者自愿接受化学阉割后，监狱和缓刑服务处根据犯罪者的精神状态和体检结果最终决定其是否适合。假定化学阉割至少持续两年，那么犯罪者需要在限制自由活动的机构中待3~6个月，随后在专门的精神病院科门诊治疗至少1年，还要接受为期6个月的监督。后者有助于性犯罪者再社会化，通常由监狱和缓刑服务机构管理，实施化学阉割之前，要通过丹麦伦理委员会的批准。
在阮齐林看来，虽然国内每年性侵未成年的案例并不少，但这一数量平均到全国680多所监狱里，每所监狱的性侵未成年人犯罪者有限。要在每座监狱都搭建这样一个支持化学阉割的配套体系，并不现实。皮艺军表示，化学阉割在实际操作中所涉及的人力、物力都需要持续的资金支撑。“如果按照这样的方式去做，由于操作技术水平要求高、司法成本昂贵，有些监狱很可能选择直接继续监禁犯罪者以杜绝再次犯罪，或者使用廉价药物对其进行化学阉割，犯罪者本身也将面临更大的副作用风险”。
化学阉割本身有着局限性。“只从生理上矫正不一定能完全阻止性犯罪，很多累犯往往还涉及复杂的心理、家庭、社会等因素。”深圳大学总医院内分泌科主任李强告诉《中国新闻周刊》，化学阉割治疗一旦中断，犯罪者的性欲很可能会出现强烈反弹。张荆指出，化学阉割最好辅助以长期的心理治疗。否则在化学阉割阶段过去之后，心理驱使的性犯罪事件还会再次发生。
国内刑法界、犯罪学界的多名专家及多名律师均告诉《中国新闻周刊》，目前化学阉割距离在中国立法还很远。与此同时，国内针对未成年的性教育仍缺失严重，保护措施也比较有限。
皮艺军指出，在国内立法、司法等领域颇具权威性的《中国法律年鉴》未对性侵未成年人的案件进行精确分类。相较而言，美国对所有罪犯的记录既包括由联邦调查局统计的年度犯罪报告，还有司法统计局每年都进行的全国犯罪受害调查。后者收集了更精确的犯罪数据，包括犯罪者年龄、就业、家庭等个人信息及犯罪类型、涉及人数、严重程度等，这其中也囊括了对于性侵案件的调查，但12岁以下的儿童不在调查范围内。“通过这些数据，使研究人员得以对性犯罪者继续跟踪，进一步研究性犯罪的生物学原因。”皮艺军说。
