或许是觉得玩家看了两作莱莎的“肉腿”之后，已经产生了审美疲劳——GUST工作室在《炼金工房》系列的25周年纪念作中，选择了以不可思议三部曲的苏菲作为主角。此前二十多部的《炼金工房》系列作品里，能有“续作”殊荣的主角唯有莱莎一人，能成为此后的第二人，足见GUST对苏菲这一角色的重视。同样作为小乡村出身的炼金术士，相比莱莎的“奔放”，苏菲则要显得更加内敛。她的梦想是用炼金术为大家带来幸福，而她之所以能在《炼金工房》系列中一直广受玩家欢迎，也正是因为她的这种温柔。
本作的副标题名为《不可思议之梦的炼金术士》，相比前作，仅有从“书”到“梦”的一字之变，而这一变化，也代表了故事核心的转变。所谓“书”，是前作中与苏菲亦师亦友，从一本魔导书化身为人偶的普拉芙妲，而“梦”，则意味着本作中梦境一般的异世界，以及每个人为之努力奋斗的梦想。
一、用拼图来炼金，这合理吗?
《炼金工房》系列最有趣的内容，就是它每一部中都有崭新变化的调合系统。相比于打怪升级，钻研炼金术做出强力的装备道具，才是提升战力的最好途径，这也让这个系列拥有了“炼金1小时，BOSS战5分钟”的独特体验。本作在继承了不可思议系列中的“面板调合”系统的同时，还迎来了一些新的改变。
所谓“面板调合”，是一个类似于拼图的小游戏。每种炼金素材，都根据它们含有的不同属性成分，变成了颜色不一的“俄罗斯方块”。而玩家要做的，就是通过旋转、移动，将这些方块，尽可能多地塞进屏幕中央的面板，从而提升道具的最终质量。
但是，每种属性的成分，都有着“初期上限”的约束，这也是为了防止玩家在前期就能制作出一些高级道具，从而影响到游戏的整体平衡。如果无法突破初期上限，那么塞进去再多的“俄罗斯方块”也只是徒劳。
因此，本作炼金系统的核心，就在于如何突破成分的上限。
第一种方法，是将“俄罗斯方块”中带星号的发光部位，尽可能多地连在一起，以此解锁更高的上限等级。这让炼金系统在“拼图”的玩法之外，又增添了“接水管”的乐趣。随着苏菲与伙伴们的好感度越来越高，在连接时还可以触发伙伴技能，带来各种强力的增益效果。这也让玩家更加乐于研究素材的摆放位置，从而获取最大的收益。
但是，这种方法仍然无法突破计量表中红色的“最终上限”。如果想要做出真正的极品道具，就需要用到第二种方法，掏出高难度的“反转面板”。这个模式将会禁用掉面板上一部分的区块，让玩家在拼图时更加缚手缚脚。
好在有了“炼金触媒”之后，“反转面板”的难度就会大大降低。这些可以无限次使用的触媒，不但可以增加面板的容量，还可以加入分割、颠倒等特殊规则，让系统变成与《莉蒂与丝尔的工作室》类似的那种重叠成分不会消失的面板。这让高级素材利用率获得了有效的提高，炼金的乐趣也因此而变得更足了。
二、异世界的崭新旅行
前作结局中离开故乡的苏菲，与普拉芙妲在旅行途中，因为一场事故意外穿越到了异世界。为了寻找穿越时失踪的普拉芙妲，苏菲与新结识的朋友们一起，再次踏上了冒险的旅途。
