关于认识的主体是物质还是精神实体这一问题，莱布尼茨反对洛克关于上帝可能给物质以思想力的观点。他认为，精神性的单子是惟一的实体，不存在物质实体，认识的主体自然不可能是物质实体。他说:“一个能感觉或能思想的东西不能是机械的东西。”“物质之能感觉和思想，并不是自然的事，它所以能如此，不外由于两种途径，一种途径是上帝使它和另一种自然能思想的实体相联结，另一途径是上帝以奇迹的方式把思想放在物质之中。”
在真理观上，莱布尼茨认为有两种真理:“推理的真理”和“事实的真理”。他在确定两者的区别时，叙述了它们的原则。一个是矛盾原则，由于这一原则，我们才认为其中隐藏矛盾的东西是谬误的，而与谬误相对立的东西则是真实的。他在《人类理智新论》中，比较详细地叙述了矛盾原则:任何一个判断要么是真实的，要么是谬误的。这包含两个真实的判断:1.一个判断不可能既是真实的同时又是谬误的；2.一个判断不可能既不是真实的又不是谬误的。因此，他说:“推理的真理是必然的，它们的反面是不可能的”。如，根据数学公理、逻辑规则推演出的知识即推理真理，这类真理才是必然的、可靠的。另一个是充足理由原则，由于这一原则，我们可看出任何现象都不可能是真实的或现实的，任何论断都不可能是公正的——因为没有充足的理由说明，为什么事情是这样而不是那样。他说:“任何一件事如果是真实的或实在的，任何一个陈述如果是真的，就必须有一个为什么这样而不那样的充足理由，虽然这些理由常常总是不能为我们所知道的。”因而“事实的真理是偶然的，它们的反面是可能的”。他认为，感性知觉提供的就是“事实真理”，这类真理是偶然的、不可信的。他写道:“必然真理的原始证明只来自理智，而别的真理则来自经验或感觉的观察。我们的心灵能够认识两种真理，但它是前一种真理的源泉；而对于一个普遍的真理，不论我们有关于它的多少特殊经验，如果不靠理性认识了它的必然性，靠归纳是永远也不会得到对它的确实保证的。”可见，莱布尼茨主张唯理论的真理观，认为推理的真理是以心灵为其源泉的，而不是对客观事物的正确反映。在莱布尼茨看来，对实际事物的认识中，由于人类找不到最终的即充分的理由，因而这些事物以及与它们相符合的真理都是偶然的。莱布尼茨强调，“偶性”是仅对我们人类而言的，因为人类无法找到事实真理之实在性的充足理由；对上帝来说，一切真理都是直觉的，推理的真理与事实的真理之间并无差异，因为这个世界及其原则都是上帝创造的，上帝能看到一切。
总之，莱布尼茨抬高推理的真理，表现出唯理论倾向，但他毕竟承认了事实的真理，并认为它就是由感性知觉提供的，反映了他向经验论的让步。
然而，在莱布尼茨那里，“事实的真理”并不是指客观存在的事实。他认为，一切都是单子的总和，但是除了上帝具有绝对清楚和明晰的知觉，许多单子只具有无意识的知觉，莱布尼茨称之为单子的“消极活动”。他认为，物质或物体就是这些单子的组合。物质、物体都是不存在的，它们只是一些模糊的、无意识的知觉，它们不过是现象而已。不过，这些现象应该服从一定的规律。这些规律并非物质自然界的规律，而是单子的表象规律，它们是最高的单子——上帝合目的的安排。这样，目的论就建立在对自然界的机械论的解释之上了。
多才多艺的莱布尼茨
莱布尼茨中奋斗的主要目标是寻求一种可以获得知识和创造发明的普遍方法，这种努力导致许多数学的发现。莱布尼茨的多才多艺在历史上很少有人能和他相比，他的研究领域及其成果遍及数学、物理学、力学、逻辑学、生物学、化学、地理学、解剖学、动物学、植物学、气体学、航海学、地质学、语言学、法学、哲学、历史和外交等等。
1693年，莱布尼茨发表了一篇关于地球起源的文章，后来扩充为《原始地球》一书，提出了地球中火成岩、沉积岩的形成原因。对于地层中的生物化石，他认为这些化石反映了生物物种的不断发展，这种现象的终极原因是自然界的变化，而非偶然的神迹。他的地球成因学说，尤其是他的宇宙进化和地球演化的思想，启发了拉马克、赖尔等人，在一定程度上促进了19世纪地质学理论的进展。
1677年，他写成《磷发现史》，对磷元素的性质和提取作了论述。他还提出了分离化学制品和使水脱盐的技术。
