尖锐湿疣的治疗方法主要分为局部治疗和全身治疗，包括药物治疗、冷冻治疗、激光治疗、高频电疗、手术切除、自体疫苗治疗、微波治疗等。
1)局部药物治疗
有鬼臼素和鬼臼素、三氯乙酸、咪喹莫特、5-氟尿嘧啶、酞胺、秋水仙碱、福尔马林、氯霉素等，其中以鬼臼素（或毒素）治疗效果较好，其作用原理是诱导白细胞介素1和白细胞介素2的产生，促进巨噬细胞增殖，抑制免疫反应，损伤小血管内皮细胞，终止细胞有丝分裂，最后表皮变白、水肿、角质形成细胞坏死，导致疣体脱落。使用时，用小棒蘸药液涂于疣体表面，每日3次，3天为一疗程。使用本药时应注意保护疣周围的正常皮肤和粘膜。三氯乙酸通过化学凝固蛋白质来破坏疣，每天局部使用一次。咪喹莫特是一种外用免疫调节剂。它通过刺激局部皮肤和粘膜产生干扰素和其他细胞因子来发挥作用。每周外用3次，用药6～10小时后洗去。它可以使用长达16周。
2)物理治疗和手术
C02激光、冷冻、高频电疗、微波治疗、手术切除等。其中以激光治疗最为常用。可治疗任何部位的尖锐湿疣，一次性去除，但复发率高。高频电疗和微波治疗同样有很好的效果。
冷冻疗法使用液氮和C02干冰。适用于外生殖器、肛门、阴道、尿道的尖锐湿疣。治疗必须分为十个疗程。
巨型尖锐湿疣需要手术治疗。
3）局部注射疗法
用于疣基部注射干扰素或去疣灵和多肌细胞，也有很好的效果。
4）全身药物治疗
一般作为局部治疗和预防复发的结合使用。目前主要有干扰素-a、B或r三种。干扰素作用机制：①抗病毒作用。干扰素可以暂时与细胞表面的受体结合，激活细胞质中的酶，影响mR。NA的翻译因此发挥抗病毒活性，其在给药后数小时内生效并持续数天。②抗增殖作用。干扰素是一种具有抗细胞增殖活性的天然蛋白质，可通过与癌细胞表面受体结合，直接抑制癌细胞增殖。③免疫调节作用。免疫调节涉及多种因素，包括刺激NK细胞和特异性细胞毒性T细胞的活性，增强巨噬细胞吞噬肿瘤细胞的能力，调节B细胞的抗体产生等。此外，多肌细胞、转移因子、白细胞介素和肿瘤坏死因子也适用。同时口服阿昔洛韦(acyclovir)片0.2克，每日5次，连续15天为一个疗程。内服丽珠卫也有较好疗效。该药为阿昔洛韦的前体药物，在血液中可迅速完全转化为阿昔洛韦，但口服利用度比阿昔洛韦高3-5倍，能明显抑制病毒DNA的合成。通常，全身治疗与手术相结合。
目前，越来越多的人提倡综合运用以上方法，采取综合疗法。同时，辅以心理调节，彻底根除顽固疣十分重要。由于疾病的特殊性，患者对家人感到羞耻，害怕被社会轻视。此外，他们可能对治疗失去信心，或担心顽固的疾病会恶变，使患者背负沉重的思想负担。因此，医生必须做好细致的思想工作，使患者消除各种思想顾虑，增强战胜疾病的信心，鼓励患者树立正确的性道德，并可结合心理暗示疗法。这些心理调整，对于提高患者的免疫功能，彻底根除顽固疣大有裨益。
