非淋菌性尿道炎在发达国家和发展中国家都很常见。在许多国家，淋病的发病率正在逐渐下降，而非淋菌性尿道炎的发病率却在逐年上升。我国报道的非淋菌性尿道炎约有一半是由沙眼衣原体引起的。根据全国性病流行病学分析报告，近年来非淋菌性尿道炎的发病率呈快速增长趋势。统计显示，从1991年到2000年，非淋菌性尿道炎的平均年增长率为43.8%。2000年，报告了241,016例病例，发病率为19.33%，居性病第二位。2001年报告253116例，发病率为20.00%。它超过淋病，在报告的各种性传播疾病中占首位。泌尿生殖道沙眼衣原体感染率在不同地区和人群中存在差异，性病门诊患者为9%～12%，卖淫妇女为20%～60%。
非淋菌性尿道炎的广泛流行，造成了巨大的预防、诊断和治疗费用。美国每年防治非淋菌性尿道炎的费用已达10亿美元以上。1991年8月12日，我国卫生部将非淋菌性尿道炎列入人类性传播疾病范围，并进行监测和报告。这是非常正确的。
