按照卫生部2000年颁布的标准，非淋菌性尿道炎的诊断要根据临床表现和实验室检查结果综合分析。目前，由于衣原体的培养和诊断试剂盒的使用不规范或不通用，临床诊断仅需看到炎性细胞（多形核白细胞），排除淋球菌感染即可确诊。沙眼衣原体或支原体等病原微生物可通过实验室检查确诊。非淋菌性尿道炎（宫颈炎）临床病例的诊断应符合以下几点：
(1)接触史：非婚性性接触史或配偶感染史。
（2）临床表现：男性有浆液性或浆液性脓性尿道分泌物，排尿困难或尿道瘙痒不适。妇女白带增多，呈黄色或血性，或异常不明，宫颈可见粘液脓性分泌物。
(3)实验室检查：①男性取尿道分泌物或刮片标本，女性取子宫内膜标本，进行涂片革兰氏染色和淋球菌培养检查，无淋病证据。②涂片检查：男性患者取尿道分泌物涂片进行革兰氏染色检查。可见多形核白色细而脆。积极的。晨尿或排尿4小时后的第一次尿液（15毫升前尿）离心沉渣在高倍镜（40×10倍）视野下为阳性，平均每视野≥15个多形核白细胞。对于女性患者，用拭子涂抹宫颈管涂片并进行革兰氏染色。油镜下（100xl0倍），每视野多形核白细胞平均数≥10个，为阳性（应排除滴虫感染）。
诊断非淋菌性尿道炎（宫颈炎），除具备上述条件外，还应具备下列条件之一：①沙眼衣原体检查：若检查结果为阳性，则对非淋菌性尿道炎有诊断意义；②解脲支原体解脲支原体检测：男性患者解脲支原体阳性，结合病史及其他实验室检查，有助于非淋菌性尿道炎的诊断。
