孕妇感染沙眼衣原体可引起早产、低出生体重和胎膜早破。如果得不到有效治疗，可传染给胎儿或新生儿，感染沙眼衣原体的新生儿可发展为新生儿眼炎和肺炎。传播途径主要为围产期传播，新生儿在分娩时经宫颈感染。它是否通过胚盘传播尚不清楚。
(l)新生儿肺炎：新生儿衣原体肺炎好发于3～16周龄，多在6周龄确诊。表现为咳嗽，为间歇性短、间歇性咳嗽。伴有鼻塞、流涕，常无发热。体格检查显示呼吸急促。呼吸频率50~70次/分。可闻湿罗音。胸片显示肺扩张伴弥漫性间质浸润和局灶性肺泡浸润。D实验室检查示血清IgG和IgA水平升高，血嗜酸性粒细胞增多。咳嗽和呼吸急促通常会持续数周，而罗音和胸部X线异常会持续一个多月。部分患儿可表现为支气管炎而不是肺炎，主要表现为喘息和支气管扩张。
(2)新生儿结膜炎：症状通常出现在出生后5-12天（平均7-8天）。临床表现从无症状到严重的化脓性结膜炎不等。最初有粘液样分泌物，逐渐发展为化脓性分泌物。眼睑水肿，结膜弥漫性红肿，球结膜发炎，乳头状增生，多发于上睑板。如果病程继续，淋巴滤泡常可在3.6周时出现。如果不治疗，活动性感染可持续3至12个月。
