非淋菌性尿道炎潜伏期长，一般在不洁性交后7-12天出现临床症状，少数有排尿困难或尿道分泌物，分泌物为粘液性，量少，部分患者表现为晨起尿道内有干性分泌物，呈薄膜状。淋病潜伏期短，一般为2.5天。排尿困难。病原学检查是鉴别的主要依据。
男女性尿道及外阴，尤其是尿道口处的生殖器疱疹，常因水泡破裂，尿道口及大阴唇和阴唇潮红、水肿、糜烂，伴有少许脓性分泌物，类似外观为非淋菌性尿道炎，但生殖器疱疹开始时为一簇簇小水疱，表现为瘙痒、灼痛，一周左右自愈，1～3个月复发。尿道口无分泌物，无尿频、尿急、尿痛等尿道炎症状。可通过检测单纯疱疹病毒确诊，也可检查衣原体或支原体，以排除非淋菌性尿道炎。
